Геномные браузеры

Полное имя Homo sapiens rhodopsin
Краткое имя RHO
Цепь Прямая
Хромосома 5
Плечо и полоса ch3:q22.1
Координаты hg38 chr3:129528640-129535169
Альтернативные продукты один продукт - 5 экзонов, длина 348 аа

Картинка окрестности гена из Genome Browser c треками гены GENCODE и RefSeq, Conservation, Common SNPs.

Для выравнивания гена родопсина человека и шимпанзе программа distmat выдает 0,74 замены на 100 нуклеотидов.
Если частоту встречаемости SNP в популяции человека выставить от 0,025 до 0,5 (интервал выбран случайно),
то в популяции будет 0,27 замен на 100 нуклеотидов.
Ниже 0,025 просто наблюдается очень большой скачок числа SNP.
Само выравнивание: HC.fasta

Вернуться на главную страницу


© Наумова Юлия, 2018