BLAST

1. Характеристики списка находок

Поиск гомологов своего белка (AKJ67821.1) в Swiss-Prot.

**Таблица 1. Характеристики списка находок**
Количество находок	Количество находок с E-value < 0,001	Максимальное E-value находки, выданное программой
2	2	7e-19

Cписок находок оказался лимитирован порогом на E-value.

2. Изменение длины слова

После смены длины слова с 6 на 2 изменилось количество находок (возросло с 2 до 25). Максимальное E-value возросло с 7e-19 до 8.3.

**Таблица 2. Характеристики списка находок при длине слова 2**
Количество находок	Количество находок с E-value < 0,001	Максимальное E-value находки, выданное программой
25	2	8.3

3. Изменение объёма поиска

После ограничения поиска таксоном Pseudomonadales E-value выбранной находки (Q8VPF2.1) изменился с 3e-21 на 6e-23, так как произошло "уменьшение" банка.
Зная размер Swiss-Prot (557275 последовательностей) рассчитываем, что на Pseudomonadales приходится примерно 11 тыс. последовательностей.
Вес выравнивания же не изменился, потому что он от объёма банка не зависит.

Вернуться на главную страницу