Для нахождения отличий между выравниваниями были взяты белки ILVA_ECOLI и ILVA_LACLA.
Выравнивания производились с помощью программ needle, water и muscle. Далее результаты обработали при помощь Jalview.
В проекте первое выравнивание - глобальное, следующее - локальное, а самое последнее - парное, полученное из множественного.
Ниже в таблице приведены три участка с отличиями.
В целом выравнивания очень похожи, значительные отличия наблюдаются только в начале (~до 25) и конце (~от 420).
Однако, наиболее правдоподобным мне кажется выравнивание, полученное с помощью программы muscle.
| Отличие 1 | Отличие 2 | Отличие 3 |
|
|
|
Отличие 1. В выделенной колонке представлено различие, которое состоит в том, что в первом и третьем выравнивании представлена аминокислота валин, когда во втором имеем валин и лейцин.
Отличие 2. Здесь мы видим в первых двух выравниваниях гэп и валин, тогда как в третьем выравниваниии на месте гепа стоит цистеин.
Отличие 3. В даннгом случае в первом выравнивании находятся глицин и аспарагиновая кислота, во втором - просто гэпы, а в третьем - только глицин.
Вернуться на главную страницу© Наумова Юлия, 2018