С помощью инструментов пакета 3DNA были построены модели структур A-, B- и Z-формы ДНК.
В A- и B- формах дуплекса ДНК последовательность одной из нитей представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc".
Ниже представлены ссылки на данные структуры:
А-форма ДНК:gatc-a.pdb
B-форма ДНК:gatc-b.pdb
Z-форма ДНК:gatc-z.pdb
C помощью программы Jmol удалось определить, какая из бороздок является малой и большой. Для цитозина, входящего в состав структуры В-формы ДНК, было выявленно, какие из атомов этого азотистого основания смотрят в сторону большой бороздки (отмечены красным), а какие в сторону малой (отмечены синем).
| Тип формы | A-ФОРМА | B-ФОРМА | Z-ФОРМА |
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали | 28.03 | 33.75Å | 43.5Å |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина малой бороздки | 16.81 | 17.21 | 18.3 |
| Ширина большой бороздки | 7.98 | 11.69 | 7.2 |
Сравнение торсионных углов тРНК и экспериментально полученных структур ДНК.
Значения торсионных углов тРНК больше похожи на значения А-формы ДНК.
В данной тРНК стебли представлены следующими нуклеотидами:
1 (0.044) ....>B:.901_:[PSU]P-**--A[..A]:.972_:B<.... (0.003) 2 (0.003) ....>B:.902_:[..U]U-----A[..A]:.971_:B<.... (0.003) 3 (0.002) ....>B:.903_:[..C]C-----G[..G]:.970_:B<.... (0.003) 4 (0.002) ....>B:.904_:[..C]C-----G[..G]:.969_:B<.... (0.004) 5 (0.002) ....>B:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:B<.... (0.007) 6 (0.006) ....>B:.906_:[..C]C-----G[..G]:.967_:B<.... (0.007) 7 (0.004) ....>B:.907_:[..G]G-----C[..C]:.966_:B<.... (0.002) 8 (0.016) ....>B:.949_:[5MC]c-----G[..G]:.965_:B<.... (0.004) 9 (0.004) ....>B:.950_:[..C]C-----G[..G]:.964_:B<.... (0.008) 10 (0.002) ....>B:.951_:[..A]A-----U[..U]:.963_:B<.... (0.004) 11 (0.010) ....>B:.952_:[..G]G-----C[..C]:.962_:B<.... (0.006) 12 (0.005) ....>B:.953_:[..G]G-----C[..C]:.961_:B<.... (0.004) 15 (0.005) ....>B:.939_:[..C]C-----G[..G]:.931_:B<.... (0.005) 16 (0.005) ....>B:.940_:[..C]C-----G[..G]:.930_:B<.... (0.005) 17 (0.002) ....>B:.941_:[..A]A-----U[..U]:.929_:B<.... (0.002) 18 (0.006) ....>B:.942_:[..G]G-----C[..C]:.928_:B<.... (0.003) 19 (0.003) ....>B:.943_:[..A]A-**--P[PSU]:.927_:B<.... (0.045) 20 (0.004) ....>B:.944_:[..A]A-**--g[M2G]:.926_:B<.... (0.005) 21 (0.007) ....>B:.910_:[2MG]g-----C[..C]:.925_:B<.... (0.003) 22 (0.005) ....>B:.911_:[..C]C-----G[..G]:.924_:B<.... (0.008) 23 (0.004) ....>B:.912_:[..C]C-----G[..G]:.923_:B<.... (0.012) 24 (0.005) ....>B:.913_:[..C]C-**--C[..C]:.922_:B<.... (0.002) 25 (0.009) ....>B:.914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_:B<.... (0.004) 26 (0.012) ....>B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B<.... (0.004) 27 (0.015) ....>B:.918_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B<.... (0.001)
Водородные связи, обеспечивающие третичную структуру: 13 (0.003) ....>B:.954_:[5MU]t-**--a[1MA]:.958_:B<.... (0.005) 14 (0.044) ....>B:.955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917_:B<.... (0.006) 25 (0.009) ....>B:.914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_:B<.... (0.004) 26 (0.012) ....>B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B<.... (0.004) 27 (0.015) ....>B:.918_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B<.... (0.001)
© Наумова Юлия, 2018