Реконструкция филогении

Из списка функций белков был выбран фактор элонгации трансляции Ts (EFTS).
С помощью Swiss-Prot были получены последовательности белков с данной функцией из отобранных ранее бактерий (Таблица 1.).

**Таблица 1. Идентификаторы**
Идентификатор	Мнемоника	Название белка
Q6G5C8	EFTS_BARHE	Elongation factor Ts
Q1BHI1	EFTS_BURCA	Elongation factor Ts
P43894	EFTS_HAEIN	Elongation factor Ts
A1B8E8	EFTS_PARDP	Elongation factor Ts
B4F2D2	EFTS_PROMH	Elongation factor Ts
A4SYV0	EFTS_POLAQ	Elongation factor Ts
P57983	EFTS_PASMU	Elongation factor Ts

Все последовательности были собраны в один файл (pr2t4in.fasta) и выровнены с помощью программы: muscle -in pr2t4in.fasta -out pr2t4out.fasta.
Также для удобства в файле были отредактированы названия последовательностей (до мнемоник).
Итоговый файл с выравниваниями: pr2t4new.fasta

Далее была произведена реконструкция филогении тремя методами: UPGMA, Minimum-Evolution, Neighbor-Joining.

UPGMA
* использует молекулярные часы (строит укорененное ультраметрическое дерево)
* дистанционный
* реконструирует длины ветвей

Minimum-Evolution
* переборный
* может использовать молекулярные часы
* дистанционный
* реконструирует длины ветвей

Neighbor-Joining
* прямой
* не использует молекулярные часы (строит неукорененное дерево)
* дистанционный
* реконструирует длины ветвей

Вернуться на главную страницу