Укоренение и бутстрэп

1. Укоренение с использованием внешней группы

MEGA автоматически укореняет деревья в среднюю точку, если это возможно.
Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") невозможно укоренить
в среднюю точку, потому что этот метод не учитывает длины ветвей, однако можно укоренить с помощью внешней группы.

Рис. 1. Реконструкция методом максимальной экономии укоренённое дерево отобранных бактерий,
с использованием в качестве внешней группы белок из сенной палочки.

2. Бутстрэп

Проведен бутстрэп-анализ филогении белков (число реплик = 100). *Числа на ветвях - процент деревьев, в которых встретилась данная ветвь*

При сравнении с оригинальным деревом можно сказать, что Bootstrap ближе к правильному чем Original (близость определяется по числу общих ветвей).

3. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

По добытым последовательности 16S рибосомальной РНК было построено дерево:

4. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Протеомы бактерий были перенесены в один файл.
Далее файл с протеомами преобразован в базу данных: makeblastdb -in all_bact.fasta -dbtype prot
Затем было проведено выравнивание программой blastp с белком CLPX_ECOLI:
blastp -db all_bact.fasta -query ECOLI.fasta -out pr3blast.txt -evalue 0.001 -outfmt 7
Потом были выбраны все белки с процентом идентичности больше 35.
Их идентификаторы были загружены в Jalview, а затем последовательности выровняли.
Далее с помощью программы MEGA было построено дерево:

Здесь мы видим ортологои: Белки с мнемоникой CLPX_*; Белки с мнемоникой HSLU_*.
И паралогои (произошла дупликация гена): Белки CLPX_PASMU, HSLU_PASMU, Q9CNJ2_PASMU;
Белки CLPX_PROMH, HSLU_PROMH, B4F2B3_PROMH.

Вернуться на главную страницу