Для анализа было предложено два файла, один с прямой, другой с комплиментарной последовательностью.
WS2968_COI_F_C09_WSBS-Seq-4-08-15.ab1
WS2968_COI_R_C10_WSBS-Seq-4-08-15.ab1
Общая характеристика хроматограммы:
| 5' нечитаемый участок: | 3' нечитаемый участок: | |
| Прямая цепь | 1-38 | 648-718 |
| Обратная цепь | 1-20 | читаема до конца |
В среднем сигнал превосходит шум приблизительно в 10-12 раз.
Сила сигнала распределена вдоль оси Х довольно равномерно, в среднем составляет 1000-1200,
но существуют пики с силой сигнала от 300 (Рис.1) до 2300 (Рис.2). Шум распределён равномерно.
Сила сигнала не зависит от нуклеотида, так как, например, для цитозина есть сила сигнала,
равная 2300, но для других цитозинов можно найти и довольно слабые сигналы.
В прямом прочтении качество хроматограммы начинает падат начиная с 630 основания.
В обратном - размытые пики на участке 50-70. Хорошее качество до конца хроматограммы.
|
|
1. 50-й нуклеотид был обозначен программой как N, однако при анализе хроматограммы очевидно, что это T.
2. 396-й нуклеотид обозначен программой как T, но это осложняется высоким вторым пиком в данной позиции.
Однако сопоставлние с обратным прочтением позволяет удостовериться, что это действительно T.
3-5. В прямом прочтении данный участок нечитаем, потому все выводы делались по данным хроматограммы.
В 34-й, 37-й и 40-й позиции программой предложен вариант N, однако возможно поставить Y, C и R.
В первом и последнем случае мы можем говорить о полиморфизме, так как присутствуют 2 пика сопоставимой высоты.
Во втором случае второй пик, скорее всего, можно отнести к шуму.
Прямое прочтение WS2968_COI_F_C09.fasta
Обратное прочтение WS2968_COI_R_C10.fasta
После выравнивания с помощью needle они были открыты в JalView.
Здесь видно, что друг на друга наложилось несколько сиквенсов.
Видимо, в образце было одновременно несколько различных фрагментов ДНК.
Так же возможно, что праймер для секвенирования отжегся на нескольких различных участках.
© Наумова Юлия, 2018