Геномное окружение. База данных GO

1. Получение информации о КОГе

Для работы был выбран белок AKJ67821.1.

— После поиска с помощью сервиса CDD был получен единственный КОГ: COG2057.
— E-value данного КОГа составил 5.71e-22.
— КОГ обнаруживается с 80 по 220 остаток (при длине 245 а.о.).
— Название КОГа (англ.): Acyl CoA:acetate/3-ketoacid CoA transferase, beta subunit
— Название КОГа (рус.): Ацил-КоА:ацетат/3-кетокислотная КоА-трансфераза, бета-субъединица
— Функциональная категория (англ.): I (Lipid transport and metabolism)
— Функциональная категория (рус.): I (Транспорт и метаболизм липидов)

2. Визуализация геномного окружения

Для получения изображение геномного окружения COG2057 был использован сервис COGNAT.
В общем случае геномное окружение не является консервативным,
однако для некоторых организмов обнаружена консервативность в расположении определённых КОГов.
Расположение является вариабельным т.к. для данного КОГа установлен малый уровень Occurrence Threshold (6%).

Геномное окружение COG2057, полученное с помощью программы COGNAT.
Параметры поиска: Neighbourhood Size = 9; Occurrence Threshold (%) = 6%; Taxonomy: No.
КОГи обозначены стрелками (COG2057 покрашен бледно-розовым цветом,
а составляющий его окружение СOG1788 покрашен голубым цветом).

3. Отнесение глютаконата-КoA трансферазы к терминам GO

С помощью сервиса AmiGO поиском BLAST с параментрами по умолчанию был найден белок,
наиболее похожий на глютаконат-КoA трансферазу - 3-оксоадипат: сукцинил-КоА-трансфераза из организма Pseudomonas protegens Pf-5.
Найденный белок принажлежит к тому же семейству, что и исходный (трансферазы).
P-value составил 2.3e-11.

**Таблица 1.** Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q4KH36 (Q4KH36_PSEF5)
Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
biological process (биологический процесс)	GO:0042952	beta-ketoadipate pathway	бета-кетоадипатный путь	ISA
molecular function (молекулярная функция)	GO:0047569	3-oxoadipate CoA-transferase activity	3-оксоадипат-КоА-трансферазная активность	ISA

**Таблица 2.** Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
ISA	Inferred from Sequence Alignment	Данный код является частью ISS (Inferred from Sequence or structural Similarity) и используется в случае, когда проверяющий данные специалист уверен в том, что информация о белке была опубликована в статье или в иной форме научной публикации, то есть, данные были проверены вручную. Заключение делается на основе парного или множественного выравнивания.

Вернуться на главную страницу