Опёнок зимний (лат. Flammulina velutipes) — съедобный гриб семейства Рядовковых (отд. Базидиомицеты, кл. Агарикомицеты).
Паразит или сапротроф, растёт на ослабленных и повреждённых лиственных деревьях или на мёртвой древесине,
часто на ивах и тополях, по берегам ручьёв, на лесных опушках, в садах и парках.
Плодоносит плотными группами, часто сростками. Обычен в северной умеренной зоне.
Характеристика качества сборки генома:
| Всего сборок | 2 |
| Сборка | GCA_000633125.1 |
| Штамм | KACC42780 |
| Общая длина | 35,642,541 |
| Число контигов | 513 |
| Число скаффолдов | 11 |
| N50 | 237,309 |
| L50 | 40 |
| BioProject | PRJNA191921 |
| Ссылка на контиг | AQHU01000017.1 |
| 3'UTR | Участок на 3'-конце зрелого транскрипта, который не транслируется в белок; участок на 3'-конце РНК вируса, который не транслируется в белок. | complement(16555..17256) /locus_tag="Esi_0005_0003" |
| rep_origin | участок, на котором начинается удвоение ДНК | 5157..5187 /note="origin of L-strand replication" |
| CDS | Кодирующая последовательность, последовательность нуклеотидов которая отвечает аминокислотной последовательности аминокислот, включая антикодон | join(54..567,789..1254) /gene="ubc42" /product="ubiquitin conjugating enzyme" /function="cell division control" /translation="MVSSFLLAEYKNLIVNPSEHFKISVNEDNLTEGPPDTLY QKIDTVLLSVISLLNEPNPDSPANVDAAKSYRKYLYKEDLESYPMEKSLDECS AEDIEYFKNVPVNVLPVPSDDYEDEEMEDGTYILTYDDEDEEEDEEMDDE" |
| intron | Участок ДНК, который транскрибируется, но вырезается в процессе сплайсинга РНК | 568..788 /gene="ubc42" /number=1 |
| ncRNA | Белок-некодирующая последовательность, отличная от рРНК и тРНК | 1..986 /ncRNA_class="lncRNA" /gene="LOC103315461" |
| mat_peptide | Зрелый пептид или белок-кодирующая последовательность | 55..399 /gene="TCR1A" /product="T-cell receptor alpha chain" |
| sig_peptide | Последовательность сигнального пеетида; кодирующая последовательность для домена на N-конце секретируемого белка; | 1833..1908 /gene="orf8" |
Главная цель данного проекта состоит в том, что авторы хотят создать геномный медицинский сервис для NHS;
задать начало развитию геномной индустрии СК.
Организация Genomics England, спонсируемая Департаментом Здоровья (Великобритания), начала этото проект в 2012 году.
The 100.000 Genomes Project сфокусирован на пациентах с редкими заболеваниями и их семьях, а также пациентах с раком.
Это - один из крупнейших национальных проектов по секвенированию такого рода в мире.
Одна из главных целей - создание нового геномного медицинского сервиса для NHS - изменить способ оказания помощи людям.
Пациентам может быть предложена диагностика, не существовавшая ранее.
Исследователи будут изучать, как лучше применять геномику в здравоохранении и как интерпретировать данные для помощи пациентам.
Polysphondylium pallidum является вид клеточной формой слизи (миксомицеты).
Поиск митохондриальных геномов осуществлялся по ENA на сайте ebi.ac.uk следующим образом:
"tax_tree(554915) AND mol_type="genomic DNA" AND topology="CIRCULAR" AND organelle="mitochondrion" "
Получилось 26 находок в Release и ни одной в Update.
Был выбран Polysphondylium pallidum. Запись в ENA
| Короткое название гена | Полное название гена | Координаты (начало-конец) | Идентификатор |
| cob | apocytochrome b | 3742..4902 | AAU00587.1 |
| atp8 | ATP synthase F0 subunit 8 | 5018..5323 | AAU00588.1 |
| atp4 | ATP synthase F0 subunit b | 5328..5774 | AAU00589.1 |
| nad3 | NADH dehydrogenase subunit 3 | 5778..6134 | AAU00590.1 |
| nad9 | NADH dehydrogenase subunit 9 | 6146..6769 | AAU00591.1 |
| nad7 | NADH dehydrogenase subunit 7 | 6772..7992 | AAU00592.1 |
| atp6 | ATP synthase F0 subunit a | 8003..8734 | AAU00593.1 |
| rpl11 | ribosomal protein L11 | 8894..9406 | AAU00594.1 |
| orf184 | unknown | 9410..9964 | AAO62896.1 |
| rps12 | ribosomal protein S12 | 9927..10319 | AAU00596.1 |
| rps7 | ribosomal protein S7 | 10322..10813 | AAU00597.1 |
| rpl2 | ribosomal protein L2 | 10789..11574 | AAU00598.1 |
© Наумова Юлия, 2018