Выравнивание последовательностей белка.

**Таблица 1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков**
Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase	TSAD_ECOLI	TSAD_BACSU	708.5	41.7	62.4	13	3
Aconitate hydratase A	ACNA_ECOLI	ACNA_BACSU	2647.5	56.4	71.7	18	3
L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA	ILVA_ECOLI	ILVA_BACSU	630.0	29.4	45.4	112	5

**Таблица 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков**
Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase	TSAD_ECOLI	TSAD_BACSU	711.5	43.6	65.2	5	1	98,2	99,2
Aconitate hydratase A	ACNA_ECOLI	ACNA_BACSU	2647.5	56.6	71.9	16	2	98,2	100
L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA	ILVA_ECOLI	ILVA_BACSU	645.5	38.3	57.3	10	2	98,2	99,2

**Таблица 3. Применение глобального выравнивания к неродственным белкам**
ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
FRMA_ECOLI	MURB_BACSU	41.0	7.1	13.6	370	10

**Таблица 4. Применение локального выравнивания к неродственным белкам**
ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
FRMA_ECOLI	MURB_BACSU	54.0	21.9	41.1	31	7	89,0	89,7

4. Глобальное выравнивание белков TSAD_ECOLI и TSAD_BACSU в виде проекта Jalview

5. Множественное выравнивание белков

Для мнемоники, начинающейся с " TSAD_" были выбраны пять белков TSAD_MYCTU, TSAD_MANHA, TSAD_SHEON, T SAD_LISMF, TSAD_RHOFT и произведено множественное выравнивание. Белки были выравнены достаточно хорошо, присутствуют ярко выраженные консервативные участки, например 17-21, 48-54, 166-172. Белки TSAD_RHOFT, TSAD_MANHA и TSAD_SHEON показались мне довольно схожими (практически идентичными), поэтому возможно предположение, что данные белки гомологичны.

Вернуться на главную страницу