Работа по поиску иформации о белке Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase бактерии Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039).

Таблица 1. Информация о белке
Uniprot ID Uniprot AC Refseq ID PDB ID Длина Молекулярная масса Рекомендуемое Uniprot название
IDI2_THET2 Q746I8 WP_011174493.1;
NC_005838.1.		 1VCF;
1VCG		 332 35901 Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase

Согласно данным, полученным с сайта Uniprot, исследуемый белок Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase характерен для бактерии Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039).
Впервые в банке данных он появился 5 июля 2004 года (1 версия), однако данные обновляются довольно часто и крайнее дополнение информации было произведено 28 февраля 2018 года (104 версия).
Данный белок участвует в биосинтезе изопреноидов. Катализирует 1,3-аллильную перегруппировку гомоаллильного субстрата изопентенила (IPP) с его аллильным изомером, диметилаллилдифосфатом (DMAPP). Конкурентоспособно ингибируется N, N-диметил-2-амино-1-этилдифосфатом (NIPP) и изопентилдифосфатом. Оптимальная температура составляет 60 градусов Цельсия.
Длина белка составляет 332 аминокислотных остатка, а молекулярная масса - 35901 Да.
Структура известна полностью. Выделено 4 цепи.


Таблица 2. Информация о кластерах
UniRef Size Cluster ID
UniRef100 1 UniRef100_Q746I8
UniRef90 10 UniRef90_Q746I8
UniRef50 344 UniRef50_Q746I8

Поиск в UniProt

1. Поиск по RecName
Full:
Текст запроса: name:"isopentenyl diphosphate delta isomerase"
Сколько белков: 11,622
Сколько из раздела Reviewed: 276
Ссылка

Short:
Текст запроса: name:"ipp isomerase"
Сколько белков: 8,100
Сколько из раздела Reviewed: 276
Ссылка

2. Поиск в исходном организме
Текст запроса: name:"isopentenyl diphosphate delta isomerase" organism:"thermus thermophilus strain hb27 atcc baa 163 dsm 7039"
Сколько белков: 2
Сколько из раздела Reviewed: 1
Ссылка

3. Поиск среди семейства (Thermaceae)
Текст запроса: name:"isopentenyl diphosphate delta isomerase" taxonomy:"thermaceae"
Сколько белков: 29
Сколько из раздела Reviewed: 1
Ссылка

4. Поиск среди отдела (Deinococcus-Thermus)
Текст запроса: name:"isopentenyl diphosphate delta isomerase" taxonomy:"deinococcus thermus"
Сколько белков: 51
Сколько из раздела Reviewed: 2
Ссылка

5. Поиск по аллергенам
Среди всех организмов:
Текст запроса: name:allergen
Сколько белков: 10,266
Сколько из раздела Reviewed: 474
Ссылка

Среди Vertebrata:
Текст запроса: name:allergen taxonomy:vertebrata
Сколько белков: 60
Сколько из раздела Reviewed: 22
Ссылка

Среди Fungi:
Текст запроса: name:allergen taxonomy:fungi
Сколько белков: 1,582
Сколько из раздела Reviewed: 45
Ссылка

5. Поиск по трипсину
По трипсину: Текст запроса: name:trypsin
Сколько белков: 18,951
Сколько из раздела Reviewed: 311
Ссылка

По ингибиторам:
Текст запроса: name:trypsin name:inhibitor
Сколько белков: 3,914
Сколько из раздела Reviewed: 210
Ссылка

Отличия предостовляемой информации RefSec от UniProt

При сравнении банков RefSeq Protein и Uniprot сильных отличий обнаружено не было.
На мой взгляд, оба банка предостовляют информацию в доступном и удобном виде. Однако, обновление данных на Uniprot было осуществлено в феврале 2018 года, а данные на RefSeq не пополнялись с апреля 2015 года. Я считаю это главным минусом RefSeq.
Также к недостаткам RefSeq можно добавить отсутствие идентификаторов других баз данных, что ограничивает возможность получения дополнительной информации о белке.

Вернуться на главную страницу

 © Наумова Юлия, 2018