Три блока: (i) Вертикальный плюс-блок (ii) Частичный плюс-блок (iii) Минус-блок
Был выбран домен соответствующий Acylglycerol kinase C-terminal. В выравнивании отмечены Вертикальный плюс-блок, Частичный плюс-блок и Минус-блок. Частичный плюс-блок состоит 15 последовательностей белков. Покраска по Clustalx. Пояснение: в квадратные скобки брались аминокислоты, принадлежащие к одной функциональной группе (алифатические, ароматические, гидрофильные, гидрофобные, незаряженные, заряженные (отрицательно)). Так же составлены патерны для их поиска.
Name | ID | AC | Seed | Full |
Acylglycerol kinase C-terminal | AGK_C | PF19712 | 20 | 493 |
Файл с выравниванием в Jalview:Alignment-11.jvp.
V-Вертикальный плюс-блок;P-Частичный плюс-блок;M-Минус-блок.
Блок | Координаты | Паттерн |
Вертикальный плюс-блок | 1-36 | [VLM]..[IL].[W][G]..[R][D].{7}[Y][WL][Y][L][G][P][LM][K]..[A].[HY][WFL][FL]..[LF] |
Частичный плюс-блок | 141-147 | [W].{5}[S].[ILVA][E][L].[IV].{3}[N] |
Минус-блок | 163-167 | Отсутствует |