Визуализация молекул в JMol
Апплет JMol
Ссылка на скрипт.
Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
| # | Имена атомов | Длина связи (A) | Угол N-O-C () |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | O(35:A-ASP)- N(38:A-ALA) | 3.26 | 113.3 |
| 2 | O(36:A-THR)- N(40:A-ARG) | 2.94 | 169.4 |
| 3 | O(31:A-ASP)- N(35:A-ASP) | 2.95 | 164.2 |
| Бета-тяжи | |||
| 1 | N(17:A-VAL)- O(72:A-VAL) | 2.94 | 163.6 |
| 2 | N(15:A-ILE)- O(74:A-VAL) | 2.91 | 151.8 |
| 3 | N(13:A-ALA)- O(76:A-Ile) | 2.82 | 148.1 |
Ввывод
Средняя длина водородной связи в альфа-спиралях составляет 3,05Å, в бета-тяжах - 2,89Å. Средний угол N-H-O для альфа-спирали составляет 149 градусов, для бета-тяжей - 154,5 градусов. Эти данны, в целом, согласуются с литературными данными.
Литература
1. Jeffrey, George A., An introduction to hydrogen bonding, Oxford University Press, 1997.