Выравнивание последовательностей

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Была проведена работа с белками штамма K12 кишечной палочки(_ECOLI) И штамма 168 сенной палочки(_BACSU). Через Excel таблицы была определена мнемоника 3-ёх пар белков. Это ARAA, BRNQ и DCUP. Через команду needle sw:----_ECOLI sw:----_BACSU ----.needle -auto было проведено выравнивание.

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
L-arabinose isomerase	ARAA_ECOLI	ARAA_BACSU	1432.5	52.6%	71.4%	4	3
Branched-chain amino acid transport system carrier protein BrnQ	BRNQ_ECOLI	BRNQ_BACSU	823.5	37.9%	59.0%	19	3
Uroporphyrinogen decarboxylase	DCUP_ECOLI	DCUP_BACSU	629.5	38.9%	56.2%	23	6

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
L-arabinose isomerase	ARAA_ECOLI	ARAA_BACSU	1434.5	52.9%	71.9%	4	3	99%	99%
Branched-chain amino acid transport system carrier protein BrnQ	BRNQ_ECOLI	BRNQ_BACSU	828.0	39.7%	61.2%	6	3	95%	96.1%
Uroporphyrinogen decarboxylase	DCUP_ECOLI	DCUP_BACSU	632.5	39.8%	57.7%	15	6	98.3%	96.6%

Результат выравнивания у неродственных белков

Глобальное выравнивание

Protein Name 1	Protein Name 2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Antilisterial bacteriocin subtilosin biosynthesis protein AlbG	L-idonate 5-dehydrogenase (NAD(P)(+))	ALBG_BACSU	IDND_ECOLI	11.0	0.5%	0.5%	562	2

Локальное выравнивание

Protein Name	Protein Name 2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Antilisterial bacteriocin subtilosin biosynthesis protein AlbG	L-idonate 5-dehydrogenase (NAD(P)(+))	ALBG_BACSU	IDND_ECOLI	24.5	15.8%	42.1%	14	1	16.3%	7%

Выравнивание неродственных белков Antilisterial bacteriocin subtilosin biosynthesis protein AlbG и L-idonate 5-dehydrogenase (NAD(P)(+)) показало, что они не гомологичны. К примеру, идентичность 15.8%, то есть низкая.

Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Через поиск в UniProt всех белков из Swiss-Prot с мнемоникой ARAA было получено 116 белков. Семь белков, выбранных для выравнивания: ARAA_ECOLI, ARAA_BACSU, ARAA_BACHD, ARAA_THEMA, ARAA_LACBA, ARAA_TOLAT, ARAA_GEOTN. Через поиск из Swiss-Prot были получены все белки мнемоники ARAA, далее с помощью Excel таблицы выделены семь конкретных белков. Этот список был импортирован в Jalview, было выполнено выравнивание. Файл с выравниванием Jalview.
Структуры белков похожи. У ARAA_THEMA нуклеотиды выпадают на промежутке от 242 до 245 и выпадает 361 нуклеотид. У белка ARAA_LACBA нуклеотиды выпадают на промежутке от 478 до 500. Структуры консервативны на участках: 81-85; 127-129; 180-183; 287-292; 331-336. Менее консервативные участки: 45-85; 205-240; 405-421; 451-460.