UniProt
(S)-1-Phenylethanol dehydrogenase

Введение

Фермент (S)-1-фенилэтанол дегидрогеназа был найден в организме Aromatoleum aromaticum Azoarcus sp. (strain EbN1), бактерии имеющей только один штамм. Штамм EbN1-это разлагающая ароматические соединения бактерия, она встречается в пресноводных и почвенных средах обитания. Уникальным свойством штамма EbN1 является его способность разлагать толуол и этилбензол двумя различными анаэробными способами.[1]

(S)-1-фенилэтанол дегидрогеназа из денитрифицирующего штамма бактерий EbN1 катализирует реакцию окисления (S)-1-фенилэтанола до ацетофенона и биотехнологически интересную обратную реакцию. Фермент состоит в семействе алкогольдегидрогеназ. Кодирующий ген был экспрессирован, и очищенный белок был кристаллизован. Рентгеновские структуры апо-формы и НАД+-связанной формы были проанализированы с разрешением 2,1 и 2,4 А соответственно, что показало, что фермент представляет собой тетрамер с двумя типами гидрофобных интерфейсов димеризации, аналогичными бета-оксоацил-[ацил-несущий белок] редуктазе.[2]

2EW8
2EWM

Моделирование введения субстрата ацетофенона в активный центр выявило структурные предпосылки сильной энантиоселективности фермента и каталитического механизма, то есть была выявлена совместимость для реакции.[3]

Характерестики (S)-1-фенилэтанол дегидрогеназы

Тип характеристики Характерестика
UniProt ID PED_AROAE
UniPrit AC Q5P5I4
RecName (S)-1-Phenylethanol dehydrogenase
PDB ID 2EW8,2EWM
EMBL CR555306
Длина в аминокислотных остатках 249 AA/249 аминокислот
Молекулярная масса(MW) 26662 MW

В UnoProt для всего белка известна структура. Строки "DR PDB; 2EW8; X-ray; 2.10 A; A/B/C/D=1-249." и "SQ SEQUENCE 249 AA" показывают, что изучены с 1-ой по 249-ую аминокислоты.

Поиск

Поле поиска Количество результатов
name:"s -1-phenylethanol dehydrogenase" 294
name:"s -1-phenylethanol dehydrogenase" taxonomy:rhodocyclales 2
name:"s -1-phenylethanol dehydrogenase" taxonomy:rhodocyclales organism:"aromatoleum aromaticum strain ebn1" 2
name:"s -1-phenylethanol dehydrogenase" length:[249 TO 249] 11
name:"s -1-phenylethanol dehydrogenase" organism:human 0
name:"s -1-phenylethanol dehydrogenase" organism:mouse 0

Изменения вносимые в описание со временем

2012-09-05 был обнаружен инициирующий биосинтез метеонин.
Полную последовательность удалось описать при самой первой записи.

Особенность последовательности

В структуре будет 12 a-спиралей(helix). b-тяжей(strand) 8.
С инициирующего метеонина "INIT_MET" начинается биосинтез фермента. Далее метеонин отщипляется, это показывается в строке "CHAIN" диапазоном 2-249.

Кластеры UniRef бактерии Aromatoleum aromaticum (strain EbN1)

Кластеры UniRef
Есть кластеры UniRef50_Q5P5I4(в кластере таких 4 белка); UniRef90_Q5P5I4(в кластере только один белок); UniRef100_Q5P5I4(в кластере один белок). По размеру кластеров можно сделать вывод, что белок не распространён. Если взять 50% идентичности, то получим только 3 схожих белка. При 90% идентичности нет схожих белков.

Сравнение Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) и Azospira oryzae (strain ATCC BAA-33 / DSM 13638 / PS)

Протеом бактерия Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) сам является референсным. В роде Ароматолеум известен только этот штамм, поэтому можно взять для сравнения референсный протеом близкой бактерии из семейства Rhodocyclaceae. Была взята бактерия Azospira oryzae (strain ATCC BAA-33 / DSM 13638 / PS). В обоих протеомах изучено 413 белков, в бактерии Aromatoleum aromaticum Azoarcus sp. (strain EbN1) изученность протеома составляет 9,21%, а в бактерии Azospira oryzae (strain ATCC BAA-33 / DSM 13638 / PS) 12,03%.

Функциональная группа Aromatoleum aromaticum Azoarcus sp. (strain EbN1) Azospira oryzae (strain ATCC BAA-33 / DSM 13638 / PS)
Proteom ID UP000006552 UP000005633
Количество белков 4483 3432
Количество белков в Swiss-Prot 413(9,21%) 413(12,03%)
Трансмембранный белок 698 698
Фермент 891 714
Азотофиксация 0 18

Отличием единственного изученного штамма бактерии Aromatoleum aromaticum Azoarcus sp. (strain EbN1) является отсутствие азотофиксации, отделяющее EBN1 от остальных близкородственных азотфиксирующих растительных симбионтов кластера Azoarcus. Это подтверждается результатами запросов. У бактерии Aromatoleum aromaticum Azoarcus sp. (strain EbN1) нет белков отвечающих за фиксацию азота(Запрос показал один белок, но он не отвечает за фиксацию азота, хоть и связан с азотом). У бактерии Azospira oryzae (strain ATCC BAA-33 / DSM 13638 / PS) было получено 18 белков.

Использовавшиеся команды

  1. Трансмембранные белки
    • annotation:(type:transmem) AND organism:"Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (Azoarcus sp. (strain EbN1)) [76114]" AND proteome:up000006552
    • annotation:(type:transmem) AND organism:"Azospira oryzae (strain ATCC BAA-33 / DSM 13638 / PS) (Dechlorosoma suillum) [640081]" AND proteome:up000005633
  2. Ферменты
    • ec:* AND organism:"Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (Azoarcus sp. (strain EbN1)) [76114]" AND proteome:up000006552
    • ec:* AND organism:"Azospira oryzae (strain ATCC BAA-33 / DSM 13638 / PS) (Dechlorosoma suillum) [640081]" AND proteome:up000005633
  3. Азотофиксация
    • "nitrogen fixation" AND organism:"Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (Azoarcus sp. (strain EbN1)) [76114]" AND proteome:up000006552
    • "nitrogen fixation" AND organism:"Azospira oryzae (strain ATCC BAA-33 / DSM 13638 / PS) (Dechlorosoma suillum) [640081]" AND proteome:up000005633
  4. Swiss-Prot
    • reviewed:yes AND organism:"Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (Azoarcus sp. (strain EbN1)) [76114]" AND proteome:up000006552
    • "nitrogen fixation" AND organism:"Azospira oryzae (strain ATCC BAA-33 / DSM 13638 / PS) (Dechlorosoma suillum) [640081]" AND proteome:up000005633

      5. Ссылки на источники

      1. Информация про (S)-1-Phenylethanol dehydrogenase, PubMed
      2. Обзор "Aromatoleum aromaticum" strain EbN1, ACS Publications
      3. Information about Aromatoleum aromaticum (strain EbN1), Spinger Link