Отчёт о крупных эволюционных событиях, на основе примеров, обнаруживаемых в геномах 4 штаммов Pseudomonas aeruginosa

Построение нуклеотидного пангенома с помощью NPG-explorer

Для выполнения задания была быбрана бактерия Pseudomonas aeruginosa(Синегно́йная па́лочка). Был составлен текстовый файл для создания пангенома genomes.tsv. Используя команды.

npgn Prepare, npgn MakePangenome, npgn PostProcessing

Файлы выдачи пангенома NPG-explorer:

nj-global-tree.tre дерево геномов, построенное на основе объединённого выравнивания s-блоков

features.bs с описаниями генов

mut.tsv с описанием всех мутаций в блоках

consensuses.fasta с консенсусами всех блоков

pangenome.info, pangenome.bs, pangenome.bi с блоками, т.е. выравниваниями

log_postprocessing, log_prepare, log_makepangenome с описаниями протоколов

Описание стабильного ядра нуклеотидного пангенома

Информация о стабильном ядре нуклеотидного пангенома находится в файле pangenome.info.

Число s-блоков	509
Размер нуклеотидного ядра (процент нуклеотидов в ядре от числа нуклеотидов во всех геномах)	81.12%
Процент консервативных колонок в объединённом выравнивании s-блоков	98.6188%
Длина построенных фрагментов	min:100 max:167710

Крупные делеция

Были отобраны гены длиной больше 5000 с делецией с помощью информации из файла pangenome.bi

Штамм	Блок	Длина	Гены с делецией
Pseudomonas aeruginosa str. YTSEY8	h3x7546	7546	CDS C8257_12140 helix-turn-helix domain-containing protein
Pseudomonas aeruginosa str. MRSN12280	h3x6589	6589	CDS HUF04_15935 aryl-sulfate sulfotransferase
Pseudomonas aeruginosa str. CMC-097	h3x7018	7018	CDS C8257_26110 hypothetical protein
Pseudomonas aeruginosa str. 1811-13R031	h2x49977	49977	CDS IAU57_22655 efflux RND transporter permease subunit

Перестановки синтений g-блока

Информация была взята из файла blocks.blocks. Информация была перенесена в excel-таблицу. Блоки были подсвечены при повторении с помощью макроса, взятого с этого сайта https://www.planetaexcel.ru/techniques/14/198/. Пример перестановки можно видеть в g-блоке g4x294972 генома CMC-097. В геноме штамма CMC-097 g-блок g4x294972 оказался смещен на 25 блоков.