Нуклеотидный BLAST

Анализируемая последовательность в fasta-файле. Из полученных находок можно сделать выводы о таксономии и функции последовательности. Иследуемая последовательность, вероятно, принадлежит Lacuna vincta(Северная лакуна). Lacuna vincta - разновидность морской улитки, морского брюхоногого моллюска семейства Littorinidae. Последовательность кодирует cytochrome oxidase subunit 1. Субъеденицы являются трансмембранными белковыми комплексами в дыхательных цепях прокариот и митохондрий, которые катализируют восстановление O2 и одновременно прокачивают протоны через мембрану.
Был использован алгоритм blastn, т.к. не известно кодирует ли эта последовательность какой-нибудь белок. Использовался megablast со стандартными настройками. Подробно с выдачей можно ознакомиться в текстовом файле.

Рис.1
С помощью выравнивания через Jlview с помощью алгоритма muscle было подтвержден вывод о таксономиии. Выравнивание находится в файле.
На участке 204 видна схожесть только с первыми тремя находками из семейства Littorinidae, что говорит о наибольшой близости к этим штамам.
Рис.2

Генов белков в неаннотированной нуклеотидной последовательности

Последовательность контига филяриальной паразитической нематоды , в котором производился поиск, находится в файле SeqNematoda.fasta. Был использован алгоритм blastx, т.к. было необходимо предсказать функцию белка по нуклеотидной последовательности. Параметры blastx были использованы стандартные. База данных: RefSeq_Select_proteins. Выдачу BLAST можно посмотреть по ссылке. Продукт экспрессии гена - белок Probable dolichyl pyrophosphate Glc1Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase. Его функция добавлять второй остаток глюкозы к связанному с липидом предшественнику олигосахарида для N-связанного гликозилирования. Переносит глюкозу с глюкозы долихилфосфата (Dol-P-Glc) на связанный с липидом олигосахарид Glc1Man9GlcNAc2-PP-Dol, прежде чем он будет перенесен в зарождающийся пептид. Это требуется для созревания PKD1/полицистина-1 и локализации на плазматической мембране первичных ресничек. вывод о функции гена белка и обоснование этого вывода.

Карта локального сходства гомологичных хромосом двух бактерий

Были взяты последовательности видов Mariprofundus ferrinatatus и Mariprofundus aestuarium из рода Mariprofundus. Был использован blatn с алгоритмом megablats. Карта локальных сходств подтверждает родство двух видов. На карте видны большие гомологичные участки. Синим цветом обведен участок, на котором вероятно произошла инверсия. Красным цветом обведен участок, на котором транслокация.

Рис.3