Overlap area in Angstrom^2 between polygons defined by atoms on successive bases. Polygons projected in the mean plane of the designed base-pair step. Values in parentheses measure the overlap of base ring atoms only. Those outside parentheses include exocyclic atoms on the ring. Intra- and inter-strand overlap is designated according to the following diagram: i2 3' 5' j2 /|\ | | | Strand I | | II | | | | | \|/ i1 5' 3' j1 step i1-i2 i1-j2 j1-i2 j1-j2 sum 1 GG/UC 1.21( 0.13) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.89( 0.00) 2.10( 0.13) 2 GC/GU 7.23( 4.42) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.56( 3.95) 13.79( 8.36) 3 CC/GG 0.10( 0.00) 0.00( 0.00) 0.37( 0.00) 3.01( 1.55) 3.47( 1.55) 4 CC/GG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.27( 0.00) 3.72( 2.31) 3.98( 2.31) 5 CC/GG 0.46( 0.10) 0.00( 0.00) 0.24( 0.00) 2.81( 1.37) 3.52( 1.47) 6 CA/UG 0.57( 0.00) 0.00( 0.00) 1.85( 0.72) 0.36( 0.00) 2.77( 0.72) 7 AG/CU 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.56( 0.89) 2.56( 0.89) 8 GG/CC 2.15( 0.70) 0.00( 0.00) 0.37( 0.00) 0.38( 0.11) 2.90( 0.82) 9 GG/CC 3.75( 2.42) 0.00( 0.00) 0.17( 0.00) 0.38( 0.00) 4.30( 2.42) 10 GG/CC 3.99( 2.66) 0.00( 0.00) 0.47( 0.00) 0.02( 0.00) 4.48( 2.66) 11 GG/CC 4.12( 2.56) 0.00( 0.00) 0.59( 0.00) 0.00( 0.00) 4.71( 2.56) 12 GU/AC 6.51( 3.65) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.58( 0.17) 8.09( 3.82) 13 UU/GA 5.21( 2.66) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.41( 2.58) 10.61( 5.25) 14 UA/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 15 AG/CC 4.30( 2.39) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.43( 2.51) 9.72( 4.90) 16 GG/CC 2.49( 1.03) 0.00( 0.00) 0.55( 0.00) 0.42( 0.00) 3.47( 1.03) 17 GC/GC 6.65( 3.52) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.36( 3.25) 13.01( 6.77) 18 CC/GG 0.15( 0.00) 0.00( 0.00) 0.83( 0.00) 3.03( 1.51) 4.01( 1.52) 19 CG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.17( 2.44) 0.00( 0.00) 5.17( 2.44) 20 GA/GC 1.65( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.14( 2.36) 6.79( 2.36) 21 AG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.75( 0.00) 1.72( 1.04) 2.46( 1.04) 22 GU/AC 4.94( 2.21) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.50( 2.19) 8.44( 4.40) 23 UC/GA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.00( 2.53) 4.00( 2.53) 24 CU/GG 1.68( 0.17) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.66( 1.14) 4.34( 1.31) 25 UU/AG 2.46( 0.14) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.46( 0.14) 26 UA/AA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.72( 0.97) 1.72( 0.97) 27 AG/CA 5.17( 2.71) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.13( 2.71) 11.31( 5.42) 28 GG/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 29 GG/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 30 GG/UC 1.18( 0.11) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.35( 0.04) 2.52( 0.14) 31 GC/GU 6.96( 4.23) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.25( 3.65) 13.21( 7.87) 32 CC/GG 0.38( 0.01) 0.00( 0.00) 0.33( 0.00) 3.05( 1.62) 3.77( 1.63) 33 CC/GG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.40( 0.00) 3.60( 2.17) 4.00( 2.17) 34 CC/GG 0.70( 0.15) 0.00( 0.00) 0.14( 0.00) 3.18( 1.77) 4.02( 1.92) 35 CA/UG 0.44( 0.00) 0.00( 0.00) 1.57( 0.54) 0.69( 0.04) 2.69( 0.58) 36 AG/CU 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.47( 0.00) 0.79( 0.19) 1.26( 0.19) 37 GG/CC 2.45( 0.94) 0.00( 0.00) 0.69( 0.00) 0.04( 0.00) 3.18( 0.95) 38 GG/CC 4.14( 2.78) 0.00( 0.00) 0.21( 0.00) 0.00( 0.00) 4.34( 2.78) 39 GG/CC 3.75( 2.42) 0.00( 0.00) 0.26( 0.00) 0.00( 0.00) 4.00( 2.42) 40 GG/CC 3.77( 1.93) 0.00( 0.00) 0.95( 0.00) 0.00( 0.00) 4.72( 1.93) 41 GU/AC 6.53( 3.72) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.49( 0.12) 8.02( 3.84) 42 UU/GA 5.30( 2.78) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.02( 2.27) 10.32( 5.05) 43 UA/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 44 AG/CC 5.03( 2.49) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.98( 2.59) 11.00( 5.09) 45 GG/CC 2.90( 1.44) 0.00( 0.00) 0.58( 0.00) 0.12( 0.00) 3.60( 1.44) 46 GC/GC 6.11( 3.06) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.59( 3.46) 12.70( 6.52) 47 CC/GG 0.21( 0.01) 0.00( 0.00) 0.82( 0.00) 3.02( 1.52) 4.06( 1.53) 48 CG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.06( 2.36) 0.00( 0.00) 5.06( 2.36) 49 GA/GC 2.07( 0.11) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.49( 2.61) 7.56( 2.72) 50 AG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.75( 0.00) 1.06( 0.59) 1.82( 0.59) 51 GU/AC 5.23( 2.50) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.40( 2.25) 8.64( 4.75) 52 UC/GA 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.50( 2.02) 3.50( 2.02) 53 C-----G [3] O2 - N2 2.79 N3 - N1 2.95 N4 - O6 2.97 54 U-*---G [2] O2 - N1 2.71 N3 - O6 3.04 55 U-**--A [2] O2'- O2' 2.90 O2 * N1 3.52 56 A-**--A [2] N6 - N3 2.98 N1 - O2' 2.73 57 G-**+-C [2] N1 - O2 3.10 N2 - N3 2.98 58 G-----C [3] O6 - N4 3.28 N1 - N3 3.10 N2 - O2 3.28