Базы данных Human Protein Atlas

Human Protein Atlas - база данных, в которой описано, как все белки человека в клетках, тканях и органах распределены по человеческому телу. Описание составляется с использованием визуализации на основе антител, протеомике, транскриптомике и системной биологии.

Был выбран ID ALB, т.к. обладает важной функцией в организме человека изсходя из описания. Он участвует в таких процессах, как связывание воды, Ca(2+), Na(+), K(+), жирных кислот, гормонов, билирубина и лекарственных средств. Основной функцией является регулирование коллоидного осмотического давления в крови. Основной транспортер цинка в плазме, как правило, связывает около 80% всего цинка в плазме. Основной транспортер кальция и магния в плазме, связывает приблизительно 45% циркулирующего кальция и магния в плазме. Потенциально имеет более двух сайтов связывания кальция - и может дополнительно связывать кальций не специфичным образом.

Также для описываемого гена есть удобно собранные в одну таблицу ID из разных баз данных(UniProt, NCBI). Ген ALB кодирует самый распространенный белок в крови человека. Как было сказано ранее, основные функции белока это регуляция коллоидного осмотического давления в плазме крови и действие белка-носителя для широкого спектра эндогенных молекул, включая гормоны, жирные кислоты и метаболиты, а также экзогенные препараты. Кроме того, этот белок проявляет эстеразу - подобную активность с широкой субстратной специфичностью. Кодированный препропротеин протеолитически обрабатывается для выработки зрелого белка. Пептид, полученный из этого белка, EPI-X4, является эндогенным ингибитором хемокинового рецептора CXCR4.

Локализация экспресируемого белка естественно в основном в печени, т.к. белок учавствует в регуляции коллоидного осмотического давления. Экспрессия РНК происходит в печени и желочном пузыре. Экспрессия белка происходит в почках и мочевом пузыре.

У данного белка высокая раковая специфичность. Экспрессия мРНК данного гена может приводить к раку Печени.

Более подробные графики экспрессии подверждают высокую специфичность рака.