Сигналы и мотивы 2

Human coronavirus NL63

sgRNA - субгеномная матричная РНК коронавирусов (Coronaviridae). Она образуется путем объединения участка с геном позднего белка с лидерной последовательностью при образовании РНК, комплементарной к РНК вируса, с последующей репликацией полученной (-sgRNA)в +sgRNA. Эта sgRNA опознаются факторами белками хозяйской клетки, как матричная РНК.

В поиске NCBI я ввел "Coronaviridae" и выбрал Коронавирус человека NL63. Коронавирус человека NL63 — вирус из семейства коронавирусов. В конце 2004 года он был выявлен у семимесячного ребенка с бронхиолитом в Нидерландах. Заражение вирусом связано с общими симптомами и заболеваниями и было подтверждено во всем мире. Сопутствующие заболевания включают умеренные инфекции верхних дыхательных путей, а также тяжёлые инфекции нижних дыхательных путей. Геном вируса лежит здесь.

MEME

В геноме коронавируса Human coronavirus NL63 необходимо было найти мотив сайта разрывной транскрипции sgRNA. Были собраны участки от предыдущего кодона ATG в любой рамке, до ATG кодона данного позднего гена, так как ATG является старт кодоном репликации генов. С помощью MEME ,был найден подходящий мотив.

Перед работой с программой MEME я подготовил файл с помощью программы SnapGene. Следующие параметры были выставлены в программе MEME:

Была получена семибуквенная консенсусная последовательность UGKUAAY с хорошим p-value.

FIMO

Далее был выполнен поиск во всем геноме коронавируса с помощью FIMO. Мотив UGKUAAY был выявлен 15 раз при p-value 0.001. То есть данный мотив действительно является сигналом.