Abinitio вычисления для нафталина и азулена

Оптимизация в Mopac

Была сделана оптимизация молекул нафталина и азулена. SMILES представления молекул представлены ниже: 
Azulene : C1=CC=C2C=CC=C2C=C1   
Naphthalene: c1ccc2ccccc2c1

Чтоб молекула азулена была плоской подобрано силовое поле UFF в obgen.

Нафталин

Азулен

В результате получилось два файла: nap.out и azu.out. С помощью babel переформатируем координаты в gamin формат и имя файла например nap_opt.inp . И сделаем так, что бы заголовок выглядел так: 

 $CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS  
 SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END  
 $BASIS  GBASIS=N31 NGAUSS=6
 $end  
 $system mwords=2
 $end   
 $DATA

Это и будут входные файлы для оптимизации геометрии средствами GAMESS. Запустим GAMESS следующим образом 

 gms nap_opt.inp  1 >& nap_opt.log  
 gms azu_opt.inp  1 >& azu_opt.log

Переформатируем log файл gamout в gamin. Для расчёта по Хартри-Фоку надо составить файл с таким заголовком: 

 $CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS SCFTYP=RHF RUNTYP=ENERGY $END  
 $BASIS  GBASIS=N31 NGAUSS=6  
 POLAR=POPN31 NDFUNC=1 $END  
 $GUESS  GUESS=HUCKEL
 $END   
 $system mwords=2
 $end  
 $DATA
В случае теории функционала плотности заголовок будет таким: 
 $CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS   dfttyp=b3lyp RUNTYP=ENERGY $END
 $BASIS  GBASIS=N31 NGAUSS=6
 POLAR=POPN31 NDFUNC=1 $END
 $GUESS  GUESS=HUCKEL $END
 $system mwords=2 $end
 $DATA

Получаем файлы:

Naftalin - HF

Naftalin - DFT

Azulen - HF

Azulen - DFT

Оценка методов

Вещество Хартри-Фок DFT
Нафталин -383.3546611998 -385.6400108661
Азулен -383.2824690384 -385.5857491497
Δ, Hartree 0.0722 0.0543
Δ, kCal/mol 45.31 34.07

Видно, что энергия изомеризации нафталина в азулен составляет 35.3±2.2 kCal/mol, а это значение близко к значению, полученному DFT, значит он получше

 

 
 

© Замараев Алексей