Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный
Известна аминокислотная последовательность белка FTSH_ECOLI из Escherichia coli K-12.

В рабочей директории были созданы индексные файлы пакета BLAST для поиска по геному Pasteurella multocida

formatdb -i pm_genome.fasta -p F -n pm

Дальше посредством Putty была запущена программа TBLASTN с пороговым значением E-value 0,001.

blastall -p tblastn -d pm -i fe.fasta -o out.txt -e 0.001

Результат работы программы - results(.txt). По результатам поиска была заполнена таблица:

 

Число находок с Е-value<0,001	3
Характеристика лучшей находки:
E-value находки	0.0
AC соответствующей записи EMBL	AE006080
Координаты выравнивания в записи EMBL	839 - 2716

 

Поиск гомологов с помощью программы BLASTN

M83138 однa из записей EMBL, на которую ссылается запись Swiss-Prot

CDS 867..2801

seqret "m83138.fasta:M83138[867:2801]" ftsh.fasta

Поиск программой BLASTN.

 

Первым был найден сам ген, кодирующий белок FTSH_ECOLI и другие последовательности с e-value 0 их 103