Были найдены последовательности 16S рибосомальной РНК каждой из бактерий с помощью Silva

Просмотр

Затем было произведено выравнивание с помощью программы Muscle.

Для работы с последовательностями ДНК была выбрана программа fdnaml и fneighbor(создав матрицу расстояний), с помощью которых были построены деревья.

Просмотр(fdnaml)

Просмотр(fneighbor)

Дерево, построенной fdnaml, не совсем похоже на истинное: PROMH не иммет узла с кладой (ECOLI,(YERPS,YERPE)); ECOLI теперь имеет узел с кладой (PASMU,HAEIN); клада (PASMU,HAEIN) имеет узел с кладой (ECOLI,(YERPS,YERPE)); однако остались неизмененные клада (YERPS,YERPE) и (PASMU,HAEIN).

Дерево, построенной fneighbor, очень похоже на истинное: клада (PASMU,HAEIN) и (PROMH,(ECOLI,(YERPS,YERPE))) остались неизменной, только теперь VIBFM имеет узел с клада (PROMH,(ECOLI,(YERPS,YERPE))).

Для сравнения построенных деревьев по последовательности 16S рибосомальной РНК и по белкам эндолазы, рассмотрим программу fneighbor, которая использовалась для построения деревьев в обоих случаях (дерево, построенное по белкам эндолазы - просмотр) : заметим, что дерево построенное по белкам идентично истинному, а дерево, построенное по последовательности 16S рибосомальной РНК имеет различия описанные выше.

В рабочей директории были созданы индексные файлы пакета BLAST для поиска по набору белков.

formatdb -i proteo.fasta -p T -n prot

Дальше посредством Putty была запущена программа BLASTP с пороговым значением E-value 0,0001.

blastall -p blastp -d prot -i fe.fasta -o out.txt -e 0.0001

(Последовательность FTSH_ECOLI(fe.fasta))

Результат работы

Найденные гомологи наших бактерий : FTSH_ECOLI, Q66F66_YERPS, Q0WBE7_YERPE, B4F2B3_PROMH, B5FA73_VIBFM, Q9CNJ2_PASMU, FTSH1_HAEIN, Q9XBG5_BRAJA, Q89BR3_BRAJA, B5FCR8_VIBFM, HSLU_BRAJA, CLPX_HAEIN, HSLU_HAEIN, HSLU_PASMU, HSLU_YERPS, HSLU_YERPE, HSLU_ECOLI, Q89KG3_BRAJA, HSLU_VIBFM, HSLU_PROMH

 

Последовательности гомологов

Затем было проведено выравнивание muscle и подано в программу fprotpars, было получено дерево гомологов:

Просмотр

Ортологи, если они а) из разных организмов; б) разделение их общего предка на линии, ведущие к ним, произошло в результате видообразования. Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами.

Ортологи: HSLU_PASMU и HSLU_HAEIN; FTSH_ECOLI и FTSH1_HAEIN

Паралоги: Q9CNJ2_PASMU и HSLU_PASMU; HSLU_HAEIN и FTSH1_HAEIN