Анализ A,B,Z-формы ДНК

С помощью ChemSketch получены изображение основания, красным цветом выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим — в сторону малой. Был выбран гуанин 5 и комплементарный ему цитозин.

Скачать(dna.sk2)

	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	левая
Шаг спирали (Å)	24.6	33.2	45.6
Число оснований на виток	11	10.5	12
Ширина большой бороздки	15.2	17.2	18.3
Ширина малой бороздки	18.5	11.7	9.9

Был выбран гуанин(5) и рассмотрены торсионные углы для данного нуклеотида.

	alpha	beta	gamma	delta	epsilon	zeta	chi
A-форма	-51.7	174.8	41.7	79.1	-147.8	-75.1	-157.2
B-форма	-29.9	136.3	31.2	143.3	-140.8	-160.5	-98.0
Z-форма	51.9	179.0	-173.8	94.9	-103.6	-64.8	58.7

Сравним значения углов в А- и В-форме со стандартными значениями:

A-форма: значения beta и chi близко к стадарту (173, -160), значения alpha, gamma, delta, zeta отличаются от стандартных значений примерно на 10(-62, 52, 88, -50 соответсвенно), а вот значение epsilon отличается координально (178).

B-форма: значения gamma, delta, chi близки к стандартам (54,131,-117), угол beta отличается на примерно на 40(-63), а вот углы alpha,epsilon, zeta отличаются сильно(171,155,-90).