В поле COMPND можно увидеть цепи биополимеров, описанные в записи и какими буквами они обозначены.

Поле COMPND

В данном поле представлены 4 молекулы:

1-цепь ДНК (цепь Е)

2-цепь ДНК (цепь F)

3-молекула белка (регулятор транскрипции MCM1) (цепь А и В)

4-молекла белка (репрессор транскрипции MAT ALPHA-2) (цепь С и D)

Для изучения водородных связей цепи D в пределах ассиметрической единицы, были построены изображения. Водородной связью будем считать расположение атомов двух полярных (азот или кислород) атомов из разных цепей на расстоянии менее 3,5 Å.

а) цепь D в остовной модели;

 

б) обе цепи ДНК в остовной модели;

 

 

в) цепь A, связанная с цепью D, в остовной модели; Водородные связи между этими двумя цепями будут проиллюстрированы на след картинке

 

 

 

г) в проволочной модели – изображена цепь D, связанная водородными связями с другими цепями.

На данной картинке желтая цепь это цепь D, остальные остатки которые связаны с данной цепью подписаны, как мы видим, можно заметить взаимодействие цепи D с ДНК (цепь E и F), а с белком - только цепь А(верхняя картинка, иллюстрирующая расположение цепей А и D)

 

 

Для изучите связи цепи D с молекулами, находящимися в соседних симметрических образах асимметрической единицы, созданы 2 изображения.

а) связь цепи D с ДНК, как содержащейся в той же ассиметрической единице, так и восстанавливаемой по симметрии кристалла

(водородная связь цепи D с цепью E и F проиллюстрирована выше)

 

б) связь цепи D с белками из других образов ассиметрической единицы. Цепь D связана с цепью А посредством образования бета-слоя в соседнем симметрическом образе асимметрической единицы.