Ucheba

Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO

Рассмотрим pdb файл заданного белка 1LV7

Проанализируем выдачу программы PROCHECK для своей записи PDB. Для этого воспользуйтесь базой данных PDBSum.

В выдаче программы предствалена карта Рамачандрана

Предпочитаемые области [A,B,L] --- 93.3%
Разрешенные области[a,b,l,p] --- 6.7%
Допустимые области[~a,~b,~l,~p] --- 0.0%
Запрещенные области [XX] --- 0.0%
----------------------------------------------------------------------------
Кол-во остатков, кроме глицина и пролина --- 208 --- 100.0%

Кончевые остатки (excl. Gly and Pro) 4

Остатки глицина 26
Остатки пролина 13
-------------------------------------------------------------------------
Общее количество остатков 251

Основываясь на данные карты Рамачандрана, можно сделать вывод, что данная модель хорошая, так как больше 90% остатков, отличных от глицина и пролина, находятся в предпочитаемой области.

На сервере EDS были найдены 10 (4%) остатков имеют большой Z-score по RSR.

Для дальнейшего анализа возьмем один из них, например, Lys -186.

пространственного R-фактора (RSR) = 0,261

Z-score пространственного R-фактора = 2,455

коэффициента корреляции для электронной плотности ("real-space correlation coefficient") = 0,825

Пространственный R-фактор >0,1 , Z-score >0. Значит данный остаток плохо расположен, и как следствие он плохо вписался в электронную плотность, что видно из картинки.

Улучшились все показатели за исключением total numer of bumps, unsatisfied H-bond donor/acceptor, backbone conformation, R-free, в целом качество структуры после оптимизации улучшилось.




Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO Рассмотрим pdb файл заданного белка 1LV7 Скачать Проанализируем выдачу программы PROCHECK для своей записи PDB. Для этого воспользуйтесь базой данных PDBSum. В выдаче программы предствалена карта Рамачандрана Предпочитаемые области [A,B,L] --- 93.3% Разрешенные области[a,b,l,p] --- 6.7% Допустимые области[~a,~b,~l,~p] --- 0.0% Запрещенные области [XX] --- 0.0% ---------------------------------------------------------------------------- Кол-во остатков, кроме глицина и пролина --- 208 --- 100.0% Кончевые остатки (excl. Gly and Pro) 4 Остатки глицина 26 Остатки пролина 13 ------------------------------------------------------------------------- Общее количество остатков 251 Основываясь на данные карты Рамачандрана, можно сделать вывод, что данная модель хорошая, так как больше 90% остатков, отличных от глицина и пролина, находятся в предпочитаемой области. На сервере EDS были найдены 10 (4%) остатков имеют большой Z-score по RSR. Для дальнейшего анализа возьмем один из них, например, Lys -186. пространственного R-фактора (RSR) = 0,261 Z-score пространственного R-фактора = 2,455 коэффициента корреляции для электронной плотности ("real-space correlation coefficient") = 0,825 Пространственный R-фактор >0,1 , Z-score >0. Значит данный остаток плохо расположен, и как следствие он плохо вписался в электронную плотность, что видно из картинки. Улучшились все показатели за исключением total numer of bumps, unsatisfied H-bond donor/acceptor, backbone conformation, R-free, в целом качество структуры после оптимизации улучшилось.


© Замараев Алексей