Программы выравнивания последовательностей пакета EMBOSS

Глобальное выравнивание(needle)

Последовательности: 2
1: FTSH3_SYNY3
2: FTSH_ECOLI
Матрица: EBLOSUM62
Штраф за гэп: 20.0
Штраф за замену: 1.0

Длина: 676
Идентичность: 274/676 (40.5%)
Схожесть: 403/676 (59.6%)
Гэпов: 80/676 (11.8%)
Счет: 1248.0

Просмотр

-=Скачать(msf)=-

Последовательности: 2
1: FTSH3_SYNY3
2: FTSH_ECOLI
Матрица: EBLOSUM62
Штраф за гэп: 10.0
Штраф за замену: 0.5

Длина: 679
Идентичность: 283/679 (41.7%)
Схожесть: 414/679 (61.0%)
Гэпов: 86/679 (12.7%)
Счет: 1354.5

Просмотр

-=Скачать(msf)=-

Для выравнивания были взяты два похожих белка FTSH3_SYNY3 и FTSH_ECOLI. При проведении глобального выравнивания было сделано два выравнивания, в одном из котором были удвоены штрафы за гэпы и за замены. В следствии чего, мы получили, что при удвоении штрафов количество гэпов уменьшилось, схожесть и идентичность тоже уменьшились, соответственно счет также уменьшился. На рисунке видно, что одной и той же позиции первой последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности (например 20 а о), есть и такое, что в одном глобальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск (например 11 а о)

Локальное выравнивание(water)

Последовательности: 2
1: FTSH3_SYNY3
2: FTSH_ECOLI
Матрица: EBLOSUM62
Штраф за гэп: 10.0
Штраф за заменy: 0.5

Длина: 622
Идентичность: 283/622 (45.5%)
Схожесть: 414/622 (66.6%)
Гэпов: 37/622 ( 5.9%)
Счет: 1365.5

Просмотр

-=Скачать(msf)=-

Последовательности: 2
1: FTSH3_SYNY3
2: FTSH_ECOLI
Матрица: EBLOSUM62
Штраф за гэп: 20.0
Штраф за заменy: 1.0

Длина: 581
Идентичность: 270/581 (46.5%)
Схожесть: 389/581 (67.0%)
Гэпов: 18/581 ( 3.1%)
Счет: 1269.0

Просмотр

-=Скачать(msf)=-

Последовательности: 2
1: FTSH3_SYNY3
2: FTSH_ECOLI
Матрица: EBLOSUM62
Штраф за гэп: 5.0
Штраф за замену: 0.25

Длина: 652
Идентичность: 296/652 (45.4%)
Схожесть: 428/652 (65.6%)
Гэпов: 77/652 (11.8%)
Счет: 1464.0

Просмотр

-=Скачать(msf)=-

Для выравнивания были взяты два похожих белка FTSH3_SYNY3 и FTSH_ECOLI. При проведении глобального выравнивания было сделано три выравнивания, в одном из котором были удвоены штрафы за гэпы и за замены, в другом уменьшены в 2 раза, а в третьем остались стандартными. В следствии чего, мы получили, что при удвоении штрафов количество гэпов уменьшилось, схожесть и идентичность тоже уменьшились, соответственно счет также уменьшился. При уменьшении штрафов количество гэпов резко возрасло, почти вдвое, идентичность почти не изменилась, как и схожесть, а счет увеличился. На рисунках видно, что одной и той же позиции первой последовательности в разных локальных выравниваниях сопоставлены разные позиции второй последовательности (например 1 а о), также есть и такое, что в одном локальном выравнивании какой-либо позиции первой последовательности сопоставлена некоторая позиция второй, а в другом выравнивании против той же позиции оказался пропуск (например 7 а о).

С помощью программы dotmatcher была построена карта выравнивания последовательностей.
Сначала была выполнена команда:
dotmatcher ftsh3_syny3.fasta ftsh_ecoli.fasta -graph cps -xygraph none -options
Полученный файл PostScript был перекодирован в файл PDF, и олучена карта локального сходства:

Просмотр