Установите следующие параметры для MEME:
распределение количества встреч каждого мотива:"Zero or one per sequence"
максимальная и минимальная длина мотива: по 16
число различных мотивов: 1
На открывшейся странице появились : LOGO , табличка с координатами сайтов и их P-value , матрица PSSM
Было дано 18 последовательностей (pur27.fasta)
|
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
6 |
7 |
8 |
9 |
10 |
11 |
12 |
13 |
14 |
15 |
16 |
A |
86 |
122 |
-95 |
-1045 |
137 |
186 |
186 |
151 |
-1045 |
-1045 |
37 |
-1045 |
-1045 |
-1045 |
-1045 |
-36 |
C |
35 |
-1045 |
-7 |
-1045 |
-165 |
-1045 |
-1045 |
-65 |
215 |
-1045 |
-165 |
-1045 |
-1045 |
-65 |
193 |
-65 |
G |
-7 |
-65 |
135 |
181 |
-165 |
-1045 |
-1045 |
-1045 |
-1045 |
215 |
-165 |
-1045 |
-165 |
193 |
-65 |
135 |
T |
-1045 |
-36 |
-194 |
-36 |
-95 |
-1045 |
-1045 |
-194 |
-1045 |
-1045 |
86 |
186 |
175 |
-1045 |
-1045 |
-194 |
|
M |
A |
G |
G |
A |
A |
A |
A |
C |
T |
W |
T |
G |
G |
C |
G |
[ACG][AT][GC][GT]AAAACG[TA]TTGC[GA]
имя |
цепь |
старт |
P-VALUE |
сайты |
cvpA |
- |
179 |
5.76e-09 |
TCTAACAGAA |
AAAGAAAACGTTTGCG |
TAGGGATTTC |
pyrC |
+ |
182 |
7.62e-09 |
TTTTCGTGCA |
AAGGAAAACGTTTCCG |
CTTATCCTTT |
purE |
- |
164 |
7.62e-09 |
GAAAGAGAGC |
AAGGAAAACGGTTGCG |
TGGCTGTGAA |
purR |
- |
190 |
4.59e-08 |
GCAAAATCGC |
AAGGTAAACGTTTGCC |
TTTACACACC |
carA |
- |
14 |
6.04e-08 |
CTAACCTGTT |
CTGGAAAACGCTTGCG |
CAGCAAGAAG |
purL |
- |
159 |
6.04e-08 |
CTGATGCGCT |
GACGAAACCGTTTGCG |
TGGAAATAAA |
folD |
+ |
270 |
8.46e-08 |
AGATTATTGA |
CGGTAAAACGATTGCG |
CAGCAGGTGC |
purM |
- |
171 |
1.13e-07 |
TCTAACAGGG |
AAAGCAAACGTTTGCG |
AGACTGCTTT |
codB |
+ |
166 |
1.50e-07 |
TATATTTCCC |
CACGAAAACGATTGCT |
TTTTATCTTC |
purA |
+ |
127 |
1.81e-07 |
ACTACATGTT |
GAGGAAAACGATTGGC |
TGAACAAAAA |
araB |
+ |
240 |
1.97e-06 |
TTTTTGGATG |
GAGTGAAACGATGGCG |
ATTGCAATTG |
guaB |
- |
182 |
2.09e-06 |
CATTATACAG |
AGCGTAACCGATTGCA |
TCTACCCCTT |
rbsD |
+ |
175 |
2.47e-06 |
GTTAATCACC |
ATGTAAAACGTTTCGA |
GGTTGATCAC |
glnB |
- |
168 |
2.47e-06 |
CAATTCATTC |
CTTGAAATCGTTTGCA |
TCCAGCTCGT |
Теперь рассмотрим реальные сайты узнавания PurR (purr.fasta)
Рассчитаем чувствительность и специфичность предсказанного нами сайта и реального сайта узнавания PurR
Чувствительностью называется отношение числа правильных предсказаний к числу реальных сайтов, специфичностью — отношение числа правильных предсказаний к общему числу предсказаний (правильных и неправильных).
количество реальных сайтов = 10
количество правильных предсказаний = 9 (ошибка в PurA)
общее число предсказаний = 14
Чувтвительность = 0.9
Специфичность =
0.64
В данном случае предсказанный сайт можно считать верным, т к более половины предсказаний сошлись с реальным сайтом распознавания.
