Прорамма Muscle

 

C помощью SRS был получен список последовательностей белков "дельта-антигенов" в fasta формате, но без выравнивания.

-=Просмотр=-

С помощью программы Muscle было построено выравнивание этих белков.

-=Просмотр=-

-=Скачать (.fasta )=-

Можно заметить почти полное совпадение последовательностей, за исключением концевых участков

Значит, данные белки являются гомологами.

Выравнивание набора гомологов белка FTSH_ECOLI

C помшью программы Blastp быи найдены гомологи белка Ftsh_ecoli

Белки	Вес
sp|P0AAI3.1|FTSH_ECOLI	1316
sp|Q8X9L0.1|FTSH_ECO57	1315
sp|P63344.1|FTSH_SALTI	1289
sp|Q8K9G8.1|FTSH_BUCAP	1092
sp|P57462.2|FTSH_BUCAI	1077
sp|Q89AF2.1|FTSH_BUCBP	1033
sp|P71377.1|FTSH1_HAEIN	983
sp|Q1RGP0.1|FTSH_RICBR	698
sp|Q68XR9.1|FTSH_RICTY	681
sp|Q9ZEA2.1|FTSH_RICPR	679
sp|Q4UN68.1|FTSH_RICFE	678

C помощью программы Muscle ms получили выравнивание всех 11 белков:

-=Просмотр=-

-=Скачать (.msf)=-

На выравнивании видно что последовательности схожи, за исключением концевых участков, очень хорошо видны участки с повышенной долей консервативных позиций (в скобочках указаны позиции по белку FTSH_ECOLI):

В принципе, можно выделить один очень крупный участок 186-324, который представляет собой консервантивный участок, в котором есть только 15 столбцов, которые не совсем сходятся (т е может не сходится одна аминокислота в одной из одиннадцати последовательностейв данной колонке).

Сомнение по поводу выравнивания вызывает участок 1-100, в котором отсутствуют консервативные участки, есть только небольшие участки схожие, и участок 600-650 , в котором нет даже похожих участков. Скорее всего данный участок не имеет биологического смысла.