PSI-BLAST

 

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	5	126	0.004	0,005	239	0,003	0,007
SSRP_ECOLI	P0A832	2	449	3*10^(-10)	5	449	8*10^(-31)	0.62
NUSB_ECOLI	P0A780	4	327	0.003	0.008	388	2*10^(-12)	0,031
FTSH_ECOLI	P0AAI3	5	1004	0.005	0,005	2707	0,005	0,007

В данной таблице, при выравнивании был взят порог E-value равный 0,005.

Итерации "сошлись" для всех последовательностей, кроме первой и последней.

MINC_ECOLI и FTSH_ECOLI не сошлись, было проведено 5 итераций.

Разница в первом случае между между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей – ниже порога при всех итерациях небольшая

Проведя 4 выравнивания, можно заметить, что при увеличении количества итераций, у нас уменьшается E-value находки, который располагается выше порога, и увеличивается у лучшей находки ниже порога (0,005), при увеличении итераций увеличивается число находок выше порога.

В третьем случае разрыв между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей – ниже порога увеличивался каждый раз от итерации к итерации.

Evalue поданого на вход белка увеличивается от итерации к итерации, причем может стать даже больше, чем Evalue какой-либо из находок (в случае с NUSB_ECOLI). 


После установки порога 0.001 на Evalue, итерации для первой и последней последовательности "сошлись", потому что теперь BLAST создавал позоционно-специфичную матрицу для более сходных белков. В данном конкретном случае оценивается максимальное значение порога E-value, чтобы итерации сошлись как 0.001, потому что если после первой итерации в выборке будет присутстввать белок MINC_SYNY3 (Evalue = 0.001) то итерации "не сойдутся", а если не будет - то "сойдутся".