1) 1KMY банка PDB

1KMY

Ион присутствующий в структуре белка Fe (II) и окружение иона, связанных с ионом координационными связями,

Было показан командой

show spheres, all

hide everything, symbol h+c+o+n+p+s

show spheres, byres symbol fe around 3.5

BPY - это BIPHENYL-2,3-DIOL

2) 1GT0 участок цепи C с 75 по 100 остатки

1GT0

Запись о методе получения структуры и дате этого события:

HEADER TRANSCRIPTION FACTOR 09-JAN-02
1GT0
TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF A POU/HMG/DNA TERNARY COMPLEX
REMARK RESOLUTION. 2.6 ANGSTROMS.

Данный белок был изучен в 2002 году методом РСА с разрешением 2,6 ангстрема

функция данного белка: транскрипционный фактор

В pdb коде можно заметить что остатки с 79 по 96 отсутсвуют вследствии чего они не отображаются на картинке, а в записи pdb имеется пометка MISSING RESIDUES (пропущенные остатки).

1DLP остатки 136 цепи A и 167 цепи С

1DLP

Запись о методе получения структуры и дате этого события:

HEADER SUGAR BINDING PROTEIN 11-DEC-99 1DLP
TITLE STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF THE NATIVE FETUIN-BINDING
TITLE 2 PROTEIN SCILLA CAMPANULATA AGGLUTININ (SCAFET): A
REMARK RESOLUTION. 3.30 ANGSTROMS.

Данный белок был изучен в 1999 году методом РСА с разрешением 3,3 ангстрема

функция данного белка: сахаросвязывающий белок

На данной картинке можно заметить необычную модель аспаргина-136 и аргинина-167, однако в записи pdb указано о пропущенных атомах в молекуле аспаргина:

REMARK 470
REMARK 470 MISSING ATOM
REMARK 470 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS(M=MODEL NUMBER;
REMARK 470 RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER;
REMARK 470 I=INSERTION CODE):
REMARK 470 M RES CSSEQI ATOMS
REMARK 470 ASN B 136 CG OD1 ND2
REMARK 470 ASN D 136 CG OD1 ND2
REMARK 470 ASN E 136 CG OD1 ND2
REMARK 470 ASN F 136 CG OD1 ND2

а также атомы, имеющие значение 0, как в аспаргине, так и в аргинине:

REMARK 480 ZERO OCCUPANCY ATOM
REMARK 480 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE ATOMS MODELED WITH ZERO
REMARK 480 OCCUPANCY. THE LOCATION AND PROPERTIES OF THESE ATOMS
REMARK 480 MAY NOT BE RELIABLE. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME;
REMARK 480 C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE):
REMARK 480 M RES C SSEQI ATOMS
REMARK 480 ASN A 136 CG OD1 ND2
REMARK 480 ARG A 167 CG CD NE CZ NH1 NH2
REMARK 480 ARG B 167 CB CG CD NE CZ NH1 NH2
REMARK 480 ARG C 167 CB CG CD NE CZ NH1 NH2
REMARK 480 ARG D 167 NE CZ NH1 NH2
REMARK 480 ARG E 167 CG CD NE CZ NH1 NH2
REMARK 480 ARG F 167 CB CG CD NE CZ NH1 NH2

Скрипт, написанный для отображения данных молекул аспаргина и аргинина:

myscript.pml