Ucheba

Характеристика PDB-файлов

Рассмотрим pdb файл заданного белка 1LV7

Скачать

Разрешение: 1.5 ангстем

Число рефлексов: 41544

Полнота: 98.2

R-фактор: 0.155

Свободный R-фактор: 0.178 и процент рефлексов, использованных для его вычисления: 5%

Кристаллографическая группа и тип симметрии: P 41 21 2

Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решётки). a=53.152 b=53.152 c=189.066

Базисные периоды ортогональны, так как все углы 90 градусов

Абсолютная система координат совпадает с депонируемой, так как матрица переход от депонированной системы координат к абсолютным прдставляет собой единичную матрицу
ORIGX1 1.000000 0.000000 0.000000
ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000
ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000

Биологическая единица совпадает с ассимметрической единицей:
CRYST1 53.152 53.152 189.066 90.00 90.00 90.00 P 1

Для вычисления относительных координаты одного из С(альфа)-атомов своего белка, необходимо использовать матрицу перехода из абсолютной системы координат в относительную

SCALE1 0.018814 0.000000 0.000000
SCALE2 0.000000 0.018814 0.000000
SCALE3 0.000000 0.000000 0.005289

Возьмем ATOM 2 CA MET A 144 28.532 20.350 39.496

Умножим координаты атома на матрицу перехода и получим координаты атома в относительной системе координат: (0,536;0,382;0,209)

Для записи 1jh9 были составлены изображения бтологической и ассиметрической единицы

Биологическая единица:

Ассиметрическая единица:

Как видно из двух картинок выше биологическая единица включает в себя 2 ассиметричекие единицы, но имея только лишь ассиметрическую единицу невозможно рассмотреть все белковые взаимодействия, как между собой, так и между днк, причем в ассиметрической единице, представлена лишь одна цепь ДНК.




Характеристика PDB-файлов Рассмотрим pdb файл заданного белка 1LV7 Скачать Разрешение: 1.5 ангстем Число рефлексов: 41544 Полнота: 98.2 R-фактор: 0.155 Свободный R-фактор: 0.178 и процент рефлексов, использованных для его вычисления: 5% Кристаллографическая группа и тип симметрии: P 41 21 2 Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решётки). a=53.152 b=53.152 c=189.066 Базисные периоды ортогональны, так как все углы 90 градусов Абсолютная система координат совпадает с депонируемой, так как матрица переход от депонированной системы координат к абсолютным прдставляет собой единичную матрицу ORIGX1 1.000000 0.000000 0.000000 ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 Биологическая единица совпадает с ассимметрической единицей: CRYST1 53.152 53.152 189.066 90.00 90.00 90.00 P 1 Для вычисления относительных координаты одного из С(альфа)-атомов своего белка, необходимо использовать матрицу перехода из абсолютной системы координат в относительную SCALE1 0.018814 0.000000 0.000000 SCALE2 0.000000 0.018814 0.000000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.005289 Возьмем ATOM 2 CA MET A 144 28.532 20.350 39.496 Умножим координаты атома на матрицу перехода и получим координаты атома в относительной системе координат: (0,536;0,382;0,209) Для записи 1jh9 были составлены изображения бтологической и ассиметрической единицы Биологическая единица: Ассиметрическая единица: Как видно из двух картинок выше биологическая единица включает в себя 2 ассиметричекие единицы, но имея только лишь ассиметрическую единицу невозможно рассмотреть все белковые взаимодействия, как между собой, так и между днк, причем в ассиметрической единице, представлена лишь одна цепь ДНК.


© Замараев Алексей