Для димера пуринова репрессора 1jh9 созданы изображения:
а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной модели мономера;

б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт;

в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной модели двойной спирали.

Пользуясь сервисом PROTORP, нашел площадь контакта мономеров белка 1jh9 это 2592,85 ангстрем в кв. и площадь, приходящуюся на гидрофобные взаимодействия это 44,19%

Pdb, содержащий 2 цепи белка a и d - Скачать

Пользуясь сервисом CluD, определил гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров того же белка объёмом не менее 10 атомов.

Просмотр

Создал изображение поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной модели мономера, на котором поверхность, относящаяся к атомам, входящим в найденные гидрофобные кластеры, выделена разными цветами.

Программа для создания script.pml

 

На сервисе pDomains определил доменную структуру:
а) единственной цепи А своего белка 1lv7;

Как видно, почти все алгоритмы выделили 2 домена(0-181; 182-257), кроме SCOP, было создано изображение иллюстрирующее 2ух доменную структуру моего белка

б) цепь А белка 1jh9:

Данная выдача алгоритмов поиска доменов неоднозначна, как видно, все агоритмы выделяют первый домен (0-58), второй и третий домен интерпритируются разными алгоритмами по-разному (проиллюстрировано на картинке), я решил выбрать данные алгоритмов pdb и db, которые совпадают, и выделяют 3 домена(0-58; 59-154; 155-338), данная доменная структура проиллюстрирована на картинке: