Я рассмотрела 2 белка: ENO_BACSU и ENO_MYCTU. Сначала построила множественное выравнивание с еще двумя их гомологами из других видов программой muscle и взяла из него только эти два белка. Потом построила парные выравнивания программами needle и water. Три парных выравнивания программами muscle, water, needle соответственно. В таблице 1 представлены 4 различия между этими выравниваниями.

Таблица 1.

Понятно, что между глобальным и локальным выравниваниями нет различий, кроме длины (глобальное выравнивание длиннее на 8 последних аминокислот). А вот между первым и двумя вторыми выравниваниями есть различия, обусловленные не только сдвигами первого выравнивания на парные гэпы (которые появились сначала во множественном выравнивании). Вероятно, более оптимальны 2ое и 3е выравнивания, но ход эволюционных событий отражает, скорее всего, первое выравнивание, потому что в нем учитываются буквы на данных позициях у ближайших родственников данных белков.

Затем я построила множественное выравнивание muscle всех шести. Оно оказалось не очень информативным, так как 1 и 3 выравнивания теперь совпали. Интереснее выравнивание тех же белков в T-Coffee.

Спуск на нижний ряд - это штраф за начало инделя (g), а каждая пройденная грань в нижнем ряду - штраф за продолжение инделя (h). Штрафов за концевые гэпы нет.

Рисунок 1.Орграф с аффинными штрафами за гэпы.

Локальное выравнивание - в рамке.

Рисунок 2.Орграф с линейными штрафами за гэпы.

Ожидаемая частота:

q_ж = 0,35
q_ф = 0,65

q_ж*q_ж = 0,1225
q_ж*q_ф = 0,2275
q_ф*q_ж = 0,2275
q_ф*q_ф = 0,4225


Наблюдаемая частота:

p_жж = 8/90 = 0,089
p_жф = 25/90 = 0,28
p_фж = 23/90 = 0,26
p_фф = 34/90 = 0,38


Веса дружелюбности:

S_жж = 100 * lg(p_жж/q_ж*q_ж)= -14
S_жф = 100 * lg(p_жф/q_ж*q_ф)= 9
S_фж = 100 * lg(p_фж/q_ф*q_ж)= 5
S_фф = 100 * lg(p_фф/q_ф*q_ф)= -5

Таблица 2. Матрица весов дружелюбности.

Выходит, что биоинЖенеры весьма недружелюбны друг к другу, а, если учесть, что более дружелюбен тот, кто подсаживается справа, то еще и менее дружелюбны к биоинФорматикам, чем биоинФорматики к биоинЖенерам.