Задание 1.
PDB файлы со структурами ДНК:
А формаB форма
Z форма
Задание 2.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.75 | 49.28 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 13 |
| Ширина большой бороздки | 7.98 Å (от фосфата [DG]9:A нуклеотида) | 11.69 Å (от фосфата [DT]27:B нуклеотида) | 7.2 Å (от фосфата [DG]7:A нуклеотида) |
| Ширина малой бороздки | 16.81 Å (от фосфата [DC]12:A нуклеотида) | 17.21 Å (от фосфата [DT]27:B нуклеотида) | 14.73 Å (от фосфата [DC]14:B нуклеотида) |
Рисунок 1. Гуанин [DG]14:B, атомы, обращенные в сторону большой бороздки - красные, малой - синие.
В сторону большой бороздки обращены атомы g14.c8, g14.n7, g14.c5, g14.c6, g14.o6.
В сторону малой бороздки обращены атомы g14.c4, g14.n3, g14.c2, g14.n2.
Задание 3.
Упражнение 1.
Сравнение торсионных углов тРНК и экспериментально полученных структур ДНК.
Торсионные углы для структуры тРНК (среднее значение, °):
| α | β | γ | δ | ε | ζ | χ |
| -59.9 | 41.1 | 63.1 | 81.6 | -115.7 | -74.7 | -134.1 |
Торсионные углы для структуры A-формы ДНК:
| α | β | γ | δ | ε | ζ | χ |
| -37.7 | 41.0 | 33.6 | 84.7 | -144.1 | -72.3 | -148.9 |
Торсионные углы для структуры B-формы ДНК:
| α | β | γ | δ | ε | ζ | χ |
| -61.8 | 63.2 | 54.7 | 123.1 | 45.1 | -69.9 | -116.7 |
Торсионные углы для структуры Z-формы ДНК:
| α | β | γ | δ | ε | ζ | χ |
| 38.9 | -76.4 | 27.7 | 109.6 | -124.2 | 36.0 | -52.9 |
Структура тРНК больше всего похожа на A-форму ДНК и по торсионным углам, и ещё, видимо, потому что в графе "Classification of each dinucleotide step in a right-handed nucleic acid structure: A-like; B-like; TA-like; intermediate of A and B, or other cases" большинство пар нуклеотидов отмечены как "A-like".
Упражнение 2.
Номера нуклеотидов, образующих стебли во вторичной структуре тРНК:
| Номера нуклеотидов, образующих стебель |
|
|
|
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||
| Цвет на рисунке 2 | Жёлтый | Голубой | Оранжевый | Зелёный | Сиреневый |
Рисунок 2. Стебли вторичной структуры тРНК
|
В данной тРНК 7 неканонических пар оснований:
|
Третичную структуру предположительно |
 Рисунок 3. Неканонические пары оснований |
 Рисунок 4. Пары, стабилизирующие третичную |
Поиск возможных стэкинг-взаимодействий.
 |  |
| Рисунок 5. Пары с наибольшей площадью перекрытия | Рисунок 6. Пары с наименьшей площадью перекрытия |
Рисунок 7. Эти же две пары в структуре тРНК.
Рисунок 8. Cтруктура тРНК в виде блоков.