Задание 1.
Таблица 1. Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1hw2.pdb
| Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера | |
| Акцепторный стебель | 5'-1 - 7-3' 3'-72 - 66-5' |
5'-1 - 7-3' 3'-72 - 66-5' предсказаны все реальные пары |
5'-1 - 8-3' 3'-72 - 65-5' предсказаны все реальные пары и одна лишняя |
| D-стебель | 5'-22 - 25-3' 3'-13 - 10-5' | 5'-22 - 25-3' 3'-13 - 10-5' предсказаны все реальные пары | |
| T-стебель | 5'-49 - 53-3' 3'-65 - 61-5' | 5'-50 - 53-3' 3'-64 - 61-5' предсказаны 4 пары из 5 реальных | |
| Антикодоновый стебель | 5'-39 - 44-3' 3'-31 - 26-5' одна неканоническая пара | 5'-39 - 43-3' 3'-31 - 27-5' предсказаны 5 пар из 6 реальных | |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 21 | 7 | 21 |
Задание 2.
Упражнение 1.
Cкрипт-файл с определениями множеств
Второй скрипт-файл
Упражнение 2.
Таблица 2. Контакты разного типа в комплексе 1hw2.pdb
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 31 | 35 |
| остатками фосфорной кислоты | 8 | 21 | 29 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 9 | 9 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 1 | 1 | 2 |
Больше контактов с белком наблюдается для атомов 2'-дезоксирибозы и фосфатов, что понятно, потому что они находятся снаружи от азотистых оснований. Для 2'-дезоксирибозы контактов больше просто потому что у нее больше атомов. С большой бороздкой у белка больше шансов проконтактировать, чем с малой.
Cкрипт-файл
Упражнение 3.
Рис. 1. Схема, полученная с помощью nucplot.
Упражнение 4.
a) Аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК - это [ARG]49:B.
Рис. 2. [ARG]49:B образует 4 контакта c фосфатом [DG]7:D и 1 контакт c азотистым основанием [DТ]9:D. Контакты отмечены на схеме как "nonbonded".
b) Аминокислотный остаток, наиболее важный для связывания с ДНК, по моему мнению, это [ARG]35:A, потому что этот остаток формирует 2 (то есть больше других аминокислот) "nonbonded" контакта именно с азотистым основанием [DG]7:E, а не с фосфатом или 2'-дезоксирибозой.
Рис. 3. [ARG]35:A и [DG]7:E.
