Практикум 6. Прочтение последовательностей по Сэнгеру.


Задание 1.

Ccылка на прямую последовательность в fasta формате
Ccылка на обратную последовательность в fasta формате
Ссылка на JalView-проект с выравниванием прямого и обратного прочтений

Проблемные нуклеотиды:


Рисунок 1. В 67 позиции прямого прочтения и в 112 - обратного - почти одинаковые по высоте пики А и С. Такое совпадение маловероятно, так что я считаю, что это - полиморфизм. Заменила N на w.



Рисунок 2. В 226 позиции прямого прочтения пики Т и С сравнимы по высоте, так что, возможно, это - полиморфизм. А в обратном прочтении 271 пик Т, похоже, слился с 272 пиком Т и получилось N.



Рисунок 3. В 252 позиции обратного прочтения пятно зеленой краски, похоже, замаскировало пик С, который в 207 позиции прямого прочтения, кстати, есть. Заменила N на с.



Характеристика хроматограммы в целом:



Длины нечитаемых участков:

прямое прочтениеобратное прочтение
начальный участок219
конечный участок689

Сигнал и шум на глаз в среднем соотносятся как 7:1.

Сила шума очень равномерна на протяжении всей последовательности. Сила сигнала неравномерна.

В целом хроматограмма хорошая, шум относительно слабый.


Ccылка на исходную прямую последовательность в ab1 формате
Ccылка на исходную обратную последовательность в ab1 формате


Задание 2.

Рисунок 4. В данной хроматограмме шум вообще не отличим от сигнала, а также есть пятно красок в районе 390-395 нуклеотидов. Образец был загрязнен либо другими ДНК, либо чем-то еще хуже.


© Belousova Evgenia, 2018