Задание 1.
Рисунок 1. Falco peregrinus.
Таблица 1. Качество сборки генома Falco peregrinus.
| Название вида | Falco peregrinus Сапсан |
| Число сборок генома | 2 |
| Общая длина сборки | 1,112,064,469 |
| Число контигов | 60,351 |
| Число скаффолдов | 72 |
| N50 | 33,994 |
| L50 | 9,833 |
| Число аннотированных белков | 21,594 |
| Ссылка не публикацию с описанием проекта | https://genome.cshlp.org/content/27/5/875.long |
| Ссылка на последовательность одного из контигов | В RefSeq, к сожалению ничего нет. Вот контиг MLQY01000001.1 из GenBank. |
Задание 2.
Таблица 2. Описание семи Feature Key.
| Название | Описание | Ссылка на запись, в которой есть такой Feature Key |
| C_region | Невариабельный участок лёгкой или тяжелой цепи иммуноглобулинов/альфа, бета или гамма цепей Т-клеточного рецептора. Включает в себя один или нескольно экзонов. | ... |
| mat_peptide | Последовательность белка-продукта посттрансляционной модификации. | ... |
| mobile_element | Место в геноме, содержащее мобильный элемент. | ... |
| ncRNA | Ген, не кодирующий ни белок, ни транспортную или рибосомальную РНК. Считываемая функциональная молекула - РНК транскрипт. | ... |
| operon | Регион, содержащий полицистронный транскрипт, кластер генов с один промотором и, соответственно, с единой регуляцией транскрипции. Как правило, продукты этих генов задействованы в одном биохимическом пути. | ... |
| oriT | Регион в ДНК, в котором инициируется перенос ДНК от одной бактерии к другой во время коньюгации. | ... |
| prim_transcript | Транскрипт до процессинга, может включать в себя ncRNA, rRNA, tRNA; 5'UTR, 3'UTR; а также экзоны и интроны | ... |
Задание 3.
| Название проекта | Earth Biogenome Project |
| Цели проекта | 1. Извлечение пользы для человечества. 2. Защита биоразнообразия. 3. Понимание функционирования экосистем. |
| Год начала | 2017 |
| Ссылка на страницу | ... |
| Глава проекта | Хэррис Льюин, Калифорнийский университет |
| Страна | США |
| Планируемое число геномов | 1,5 млн |
| Последняя публикация по проекту | ... |
Задание 4.
Поиск в ENA. Текст запроса: tax_tree(6231) AND mol_type="genomic DNA" AND topology="CIRCULAR" AND organelle="mitochondrion". Одна находка в Update и 310 - в Release. Выбранный организм: Cylicocyclus radiatus, AC записи: MH363701 (единственная Update).
Рисунок 2. Cylicocyclus radiatus.
Гены белков, закодированных в геноме:
| короткое название | полное название | координаты в геноме | идентификатор |
| COX1 | cytochrome c oxidase subunit I | 1..1578 | AXS77374.1 |
| COX2 | cytochrome c oxidase subunit II | 1853..2548 | AXS77375.1 |
| ND3 | NADH dehydrogenase subunit 3 | 3578..3913 | AXS77376.1 |
| ND5 | NADH dehydrogenase subunit 5 | 3932..5515 | AXS77377.1 |
| ND6 | NADH dehydrogenase subunit 6 | 5964..6398 | AXS77378.1 |
| ND4L | NADH dehydrogenase subunit 4L | 6456..6689 | AXS77379.1 |
| ND1 | NADH dehydrogenase subunit 1 | 7705..8577 | AXS77380.1 |
| ATP6 | ATP synthase F0 subunit 6 | 8586..9185 | AXS77381.1 |
| ND2 | NADH dehydrogenase subunit 2 | 9381..10226 | AXS77382.1 |
| CYTB | cytochrome b | 10517..11629 | AXS77383.1 |
| COX3 | cytochrome c oxidase subunit III | 11703..12468 | AXS77384.1 |
| ND4 | NADH dehydrogenase subunit 4 | 12525..13754 | AXS77385.1 |