| Номер и название | Исходные файлы | Команда с параметрами | Результат |
| 1. Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл. | 1 | seqret @1 1.fasta | 1.fasta |
| 2. Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы. | proba.fasta | seqretsplit proba.fasta emboss_001.fasta | emboss_001.fasta emboss_002.fasta emboss_003.fasta emboss_004.fasta emboss_005.fasta |
| 3. Из файла с аннотированной хромосомой в формате gb вырезать три кодирующих последовательности по указанным координатам "от", "до", "ориентация" и сохранить в одном fasta файле. | 3cds.txt sequence.gb |
seqret @3cds.txt 3cds.fasta | 3cds.fasta |
| 4. Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода, и положить результат в один fasta файл. | 3cds.fasta | transeq 3cds.fasta 3aacds.fasta -frame 1 -table 0 | 3aacds.fasta |
| 5. Вывести открытые рамки длиной не менее заданной, имеющиеся в данной нуклеотидной последовательности. | sequence.gb | getorf gb::sequence.gb orfs.fasta -table 0 -minsize 1000 | orfs.fasta |
| 6. Перевести выравнивание из формата fasta в формат msf. | ali.fasta | seqret ali.fasta msf::ali.fasta | ali.msf |
| 7. Выдать в файл число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными. | 7.fasta | infoalign 7.fasta 7.infoalign -refseq 2 -only -name -idcount | 7.infoalign |
| 8. Перевести аннотации особенностей из файла формата gb в табличный формат gff. | sequence.gb | featcopy sequence.gb 8.gff | 8.gff |
| 9. Из данного файла с хромосомой в формате gb или embl получить fasta файл с кодирующими последовательностями. | sequence.gb | extractfeat sequence.gb 9.fasta -type CDS | 9.fasta |
| 10. Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности. | 10.fasta | shuffleseq 10.fasta 10shuffle.fasta -shuffle 5 | 10shuffle.fasta |
Упражнение 3.
Исходный файл:Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18, complete genome (NC_003198.1)
Скрипт python
Ответ для генома данной бактерии: GC.
© Belousova Evgenia, 2018