Задание 7
Таблица 1. Отобранные бактерии.
| Название | Мнемоника | Полная таксономия |
| Bordetella pertussis | BORPE | Proteobacteria, Betaproteobacteria, Burkholderiales, Alcaligenaceae, Bordetella |
| Burkholderia cenocepacia | BURCA | Proteobacteria, Betaproteobacteria, Burkholderiales, Burkholderiaceae, Burkholderia |
| Neisseria meningitidis | NEIMA | Proteobacteria, Betaproteobacteria, Neisseriales, Neisseriaceae, Neisseria |
| Rhizobium meliloti | RHIME | Proteobacteria, Alphaproteobacteria, Rhizobiales, Rhizobiaceae, Sinorhizobium/Ensifer group, Sinorhizobium |
| Thiobacillus denitrificans | THIDA | Proteobacteria, Betaproteobacteria, Nitrosomonadales, Thiobacillaceae, Thiobacillus |
| Yersinia pestis | YERPE | Proteobacteria, Gammaproteobacteria, Enterobacterales, Yersiniaceae, Yersinia |
| Pasteurella multocida | PASMU | Proteobacteria, Gammaproteobacteria, Pasteurellales, Pasteurellaceae, Pasteurella |
Изображение дерева бактерий, полученного в MEGA.
Выбрала триггер-фактор, мнемоника TIG.
| Дерево, полученное в MEGA методом neighbor-joining. | Дерево, полученное с помошью fprotdist и fneighbor, с опцией для neighbor-joining. |
 |
 |
Деревья похожи, и по топологии, и по длинам ветвей. Оба неукорененные, только полученное с помошью fprotdist и fneighbor почему-то еще и не бинарное. Есть два варианта превращения его в бинарное, один из которых реализовался в MEGA.
| Дерево, полученное в MEGA методом UPGMA. | Дерево, полученное с помошью fprotdist и fneighbor с опцией для UPGMA. |
 |
 |
Оба дерева укорененные, по длинам ветвей похожи (не считая аномально короткой ветви RHIME на дереве из MEGA). По топологии различаются: THIDA и NEIMA меняются местами. Соответствует дереву бактерий вариант из MEGA.