Задание 1. Получение информации о КОГе
Идентификатор КОГа: COG1404, e-value для отнесения белка к данному КОГу: 5.69e-44, КОГ обнаруживается с 5 по 382 остатки белка, всего в белке 382 остатка. Название КОГа: Serine protease, сериновые протеазы.
Задание 2. Визуализация геномного окружения
Рисунок 1. Фрагмент результата запуска COGNAT с параметрами: Neighborhood Size 7, Occurrence Threshold (%) 1, Taxonomy Нет.
Рисунок 2. Цвета встретившихся COGов.
Геномное окружение не очень консервативно. Чаще всего рядом находятся гены из COG0464 (АТФазы ААА+ типа), COG1807 (трансферазы PMT семейства) и COG2814 (пермеазы MFS с емейства). Но гены каждого из этих КОГов встречаются по соседству с генами из COG1404 довольно редко, то есть, геномное окружение не консервативно.
Задание 3. Отнесение cериновой протеазы ALV04273.1 из Bacillus amyloliquefaciens к терминам GO
Искали в БД GO белок, который больше всех похож на ALV04273.1. Лучшая находка: UniProtKB:P00782 (SUBT_BACAM) - субтилизин тоже из Bacillus amyloliquefaciens, P-value = 1.1e-183, так что скорее всего это тот же самый белок.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором UniProtKB:P00782 (SUBT_BACAM).
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| Биологический процесс (Biological process) | GO:0042730 | fibrinolysis | фибринолиз | IDA |
| Биологический процесс (Biological process) | GO:0006508 | proteolysis | протеолиз | IDA |
| Клеточный компонент (Сellular component) | GO:0005575 | cellular_component | клеточный компонент | ND |
| Молекулярная функция (Molecular function) | GO:0005515 | protein binding | связывание белка | IPI |
| Молекулярная функция (Molecular function) | GO:0004252 | serine-type endopeptidase activity | эндопептидазная активность серинового типа | IDA |
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
| Код типа достоверности | Расшифровка кода типа достоверности | Объяснение |
| IDA | Inferred from Direct Assay | Данный код присваивается в случае, когда участие бекла в процессе подтверждено экспериментально |
| ND | No biological Data available | Достоверные данные отсутствуют |
| IPI | Inferred from Physical Interaction | Предположили на основе физического взаимодействия |
По данным БД GO субтилизин участвует в 2 биологических процессах, входит в состав клеточного компонента и выполняет 2 молекулярные функции (таблица 1). Участие в протеолизе и в фибринолизе и эндопептидазная активность доказаны экспериментально (код достоверности IDA, таблица 2), видимо, было также показано, что субтилизин связывает какие-то белки (IPI), а то, что субтилизин входит в состав какого-то клеточного компонента, не доказано никак, просто предположили, наверное.