Задание 1. База данных OPM
Белок с альфа-спиралями в трансмембранной части | Белок с бета-слоями в трансмембранной части | |
Ссылка на старницу в OPM | 6oij | 1qd5 |
Толщина гидрофобной части белка в мембране | 32.36 A | 24.6 A |
Координаты трансмембранных спиралей | 1( 24- 48), 2( 64- 87), 3( 95- 120), 4( 145- 167), 5( 185- 206), 6( 367- 390), 7( 395- 418) | 1(38-43),2(67-78),3(86-98),4(113-122),5(134-143),6(156-164),7(169-177),8(195-203),9(206-214),10(222-232),11(235-243),12(258-264) |
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали (или одном β-тяже) | 23 | 7.8 |
В какой мембране находится белок | мембрана эукариотической клетки | мембрана эукариотической клетки |
Задание 2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей
Выдача TMHMM | Выдача Phobius |
Красным цветом показана вероятность того, что участок - трансмембранный, синим - внутриклеточный участок, розовым - внеклеточный. | Серым цветом показана вероятность того, что участок - трансмембранный, зеленым - внутриклеточный участок, синим - внеклеточный. |
В выдаче обеих программ найдены все 7 трансмембранных спиралей. Выдачи вообще очень похожи, почти не различаются. На грфиках по оси Х последовательность белка, по оси У - вероятности того, где находится этот участок.
Задание 3. База данных TCDB
Сами белки не обнаружила, так что рассматривала их семейства
Белок с альфа-спиралями в трансмембранной части | Белок с бета-слоями в трансмембранной части | |
Ссылка на страницу семейства | 9.A.14 | 1.B.84 |
Описание TCID | 9: Неполностью описанные транспортные системы 9.A Транспортеры в неизвестном биохимическом пути 9.A.14 Рецепторы, всязанные с G-белками (семейство GPCR) |
1: Каналы/поры 1.B: β-бочонковые порины 1.B.84 Порины/фосфорилаза А внешней мембраны (семейство OMPLA) |
© Belousova Evgenia, 2018