Практикум 7. Трансмембранные белки.


Задание 1. База данных OPM

Белок с альфа-спиралями в трансмембранной частиБелок с бета-слоями в трансмембранной части
Ссылка на старницу в OPM6oij 1qd5
Толщина гидрофобной части белка в мембране32.36 A24.6 A
Координаты трансмембранных спиралей1( 24- 48), 2( 64- 87), 3( 95- 120), 4( 145- 167), 5( 185- 206), 6( 367- 390), 7( 395- 418) 1(38-43),2(67-78),3(86-98),4(113-122),5(134-143),6(156-164),7(169-177),8(195-203),9(206-214),10(222-232),11(235-243),12(258-264)
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали (или одном β-тяже)237.8
В какой мембране находится белокмембрана эукариотической клеткимембрана эукариотической клетки


Задание 2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей


Выдача TMHMMВыдача Phobius
Красным цветом показана вероятность того, что участок - трансмембранный, синим - внутриклеточный участок, розовым - внеклеточный.Серым цветом показана вероятность того, что участок - трансмембранный, зеленым - внутриклеточный участок, синим - внеклеточный.

В выдаче обеих программ найдены все 7 трансмембранных спиралей. Выдачи вообще очень похожи, почти не различаются. На грфиках по оси Х последовательность белка, по оси У - вероятности того, где находится этот участок.



Задание 3. База данных TCDB


Сами белки не обнаружила, так что рассматривала их семейства

Белок с альфа-спиралями в трансмембранной частиБелок с бета-слоями в трансмембранной части
Ссылка на страницу семейства9.A.14 1.B.84
Описание TCID9: Неполностью описанные транспортные системы
9.A Транспортеры в неизвестном биохимическом пути
9.A.14 Рецепторы, всязанные с G-белками (семейство GPCR)
1: Каналы/поры
1.B: β-бочонковые порины
1.B.84 Порины/фосфорилаза А внешней мембраны (семейство OMPLA)

© Belousova Evgenia, 2018