Задание 1. Pymol.
Вот изображение, которое мне удалось получить. Лиганд 6SU-404 - это methyl 3-(methylsulfonylamino)benzoate. Я нашла информацию о взаимодействии 6SU-404 только с кислородом ILE-249 (одна водородная связь). Но зато видно, как остальные окружающие лиганд остатки образуют подходящую для него поверхность.
К сожалению, отрендерить изображение не получилось, как я ни билась с памятью и версией(
Сессия pymol
Задание 2. ЭП: хорошая и плохая расшифровки.
Я использовала mesh, чтобы сравнить качество структур. Кажется, что у структуры 2VXN разрешение лчучше, потому что при уровне подрезки 3 видно гораздо больше областей, они расположены плотнее. Оказалось, так и есть: в PDB для 2VXN указано разрешение 0.82 ангстрема, а для 1QDS - 2.0 ангстрема.
Далее я использовала mesh и carve=1.5 для остатков 71-78 в обеих структурах, они образуют небольшую петлю. Для 2VXN электронная плотность гораздо лучше согласуется с положениями отдельных атомов. Наверное, это как раз и есть показатель лучшего разрешения в структуре.
| 2VXN | 1QDS |
 |
 |
Задание 3. ЭП и положение в структуре.
Я рассмотрела ЭП остова белка 5REF на трех уровнях подрезки.
| 1 уровень | 2 уровень | 3 уровень |
 |
 |
 |
Заметно, что от 1 к 3 уровню пропадает ЭП для атомов остова, находящихся далеко от центра глобулы белка (подписаны аминокислоты, для которых это заметнее всего). Думаю, это говорит о том, что на электронную плотность конкретного атома влияет то, насколько вообще много электронов в (довольно большой) области, в которой этот атом находится.
Задание 4. ЭП и типы атомов.
На рисунках показана ЭП вокруг лиганда 6SU-404 на трех уровнях подрезки.
| 1 уровень | 2 уровень | 3 уровень |
 |
 |
 |
На 1 уровне подрезки почти все атомы лиганда покрыты ЭП. На 2 уровне - только электроотрицательные атомы и их скопления, а на 3 уровне покрыт только атом серы, окруженный двумя атомами кислорода. Значит ЭП тем дольше сохраняется, чем более электроотрицательны атомы в этой области.