Все команды запускала в bash.

Добавила в оба файла водороды, выбрала силовое поле Gromos 53а6:

  • pdb2gmx -f amylase.pdb -o amylase_h.pdb -p amylase_topol.top -ignh -ff gromos53a6 -water spc
  • pdb2gmx -f camelid.pdb -o camelid_h.pdb -p camelid_topol.top -ignh -ff gromos53a6 -water spc

Выявила экспонированные остатки с помощью mark_sur:

  • mark_sur amylase_h.pdb amylase_hm.pdb
  • mark_sur camelid_h.pdb camelid_hm.pdb

Удалила из pdb файлов строки MODEL и TER. Запустила докинг:

  • zdock -L amylase_hm.pdb -R camelid_hm.pdb

Отформатировала как надо после:

  • cp zdock.out zdock.out.cp

Что получилось:

  • zrank zdock.out.cp 1 2000
  • sort -n -k2 zdock.out.cp.zr.out | head

Самый лучший комплекс - 595. Сделала pdb файлы:

  • ln -s /home/preps/golovin/progs/bin/create_lig
  • create.pl zdock.out

И оставила только complex.595.pdb.

Сравнение результата с известной структурой 1kxt

In [1]:
import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-c' ]

import pymol
pymol.finish_launching()
from pymol import cmd,stored
from IPython.display import Image
In [22]:
cmd.fetch('1kxt')
cmd.do('''
remove chain C
remove chain D
remove chain E
remove chain F
''')
cmd.load('complex.595.pdb')
cmd.bg_color('white')
cmd.do('align 1kxt, complex.595')
cmd.do('''
remove resn hoh
select all
hide all
show cartoon
select resi 208 and chain A
orient sele
select resi 287 and chain A
center sele
zoom
''')
cmd.do('png align.png, width=1080, height=1000, ray=1')
In [24]:
Image('align.png')
Out[24]:

Видим, что сами белки наложились хорошо, но VHH домены (самые верхние) накладываются немного неточно. Похоже, VHH домен, полученный докингом, перевернут относительно того, который в 1kxt.