Все команды запускала в bash.
Добавила в оба файла водороды, выбрала силовое поле Gromos 53а6:
Выявила экспонированные остатки с помощью mark_sur:
Удалила из pdb файлов строки MODEL и TER. Запустила докинг:
Отформатировала как надо после:
Что получилось:
Самый лучший комплекс - 595. Сделала pdb файлы:
И оставила только complex.595.pdb.
import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-c' ]
import pymol
pymol.finish_launching()
from pymol import cmd,stored
from IPython.display import Image
cmd.fetch('1kxt')
cmd.do('''
remove chain C
remove chain D
remove chain E
remove chain F
''')
cmd.load('complex.595.pdb')
cmd.bg_color('white')
cmd.do('align 1kxt, complex.595')
cmd.do('''
remove resn hoh
select all
hide all
show cartoon
select resi 208 and chain A
orient sele
select resi 287 and chain A
center sele
zoom
''')
cmd.do('png align.png, width=1080, height=1000, ray=1')
Image('align.png')
Видим, что сами белки наложились хорошо, но VHH домены (самые верхние) накладываются немного неточно. Похоже, VHH домен, полученный докингом, перевернут относительно того, который в 1kxt.