Внутренности белков и макромолекулярных комплексов

1. Заключение о гидрофобном ядре

В результате анализа структуры белка бактерии Aneurinibacillus sp. XH2 было обнаружено 1 крупное гидрофобное ядро, состоящее из 1538 атомов.Гидрофобные участки имеют выход на поверхность молекулы. Такие участки перемежаются с гидрофильными. Само ядро занимает центральное положение. Судить о его предназначении довольно трудно,однако можно предположить, что оно служит для формирования четвертичной структуры белка, а также обеспечивает образование каких-либо других связей с другими молекулами.

2. Заключение о плотности упаковки атомов в ядре

В ходе анализа плотности упаковки атомов (на расстоянии 7 ангстрем), проведенного на примере одного из остатков атомов в ядре, были получены следующии выводы:

1) На расстоянии примерно 4-5 ангстрем находятся атомы, которые практически полностью покрывают его поверхность.

2) На расстоянии 4 ангстрема появляются атомы, ковалентно не связанные с атомами остатка. Большая часть таких атомов расположена на расстоянии 5 ангстрем.

3) Расстояние между соседними атомами - 5 ангстрем. В этом случае наибольшее расстояние между атомами не будет превышать 2,2 ангстрема, при том, что мы рассматриваем расстояние между наименьшими по радиусу атомами О. (5-2*1,4 ангстрем). Учитывая, что размер молекулы воды равен диаметру атома О т.е. примерно 2,8 ангстрем (радиус атома О составляет 1,4 ангстрем), получается, что между атомами молекула не поместится.

3.Заключение о ДНК-белковом комплексе

Наглядно представлен комплекс состоящий из участка ДНК и связанного с ним участка белка. Данный комплекс может участвовать в экспрессии генов, репликации, узнавания, реализации генетической информации. Белок, связанный с молекулой ДНК помогает считывать необходимую генетическую информацию.

4.Взаимодействие белка с ДНК.

Учитывая, что белок может взаимодействовать с различными участками ДНК, я выделила атомы, расположенные в радиусе 5 ангстрем от молекулы ДНК (черного цвета). Наглядно видно, что в данном случае белок соединен с ДНК в участках сахаро-фосфатного осова, а также с атомами большой бороздки ДНК.