Практикум 5. Uniprot

Задание 1. Информация о липазе Aneurinibacillus sp. XH2

Таблица 1. Общая информация о белке.

Uniprot ID	Uniprot AC	Refseq ID	PDB ID	Длина белка в аминокислотрных остатках	Молекулярная масса	Рекомендуемое Unirpot название
A0A109QDP9_9BACL	A0A109QDP9	WP_057900039.1	-	384	42972	-

1) В описании белка, отсутсвует PDB ID.
2) Данный белок не был просмотрен куратором.
3) Рекомендуемое название отсутсвует. В описании имеется только прдставленное название (SubName) : Lipase

Задание 2. Кластеры

Таблица 2. Описание кластеров

Cluster	Cluster ID	Длина	Cluser name	Некоторые организмы-источники белков кластер
UniRef50	UniRef50_B2TQP6	445	Putative lipase	Aneurinibacillus sp. XH2,Aneurinibacillus thermoaerophilus,Bacillus manliponensis
UniRef90	UniRef90_A0A109QDP9	384	Lipase	Aneurinibacillus sp. XH2,Aneurinibacillus thermoaerophilus
UniRef100	UniRef100_A0A109QDP9	384	Lipase	Aneurinibacillus sp. XH2,Aneurinibacillus thermoaerophilus

Задание 3. Результаты сеансов поиска в Uniprot.

Поиск 1.

Строка поиска: name:lipase
Результат: всего белков-53729 , из раздела Reviwed-427

Поиск 2.

Строка поиска: name:lipase organism:"aneurinibacillus sp xh2"
Результат: всего белков-1 , из раздела Reviwed-0

Поиск 3.

Строка поиска: name:lipase taxonomy:paenibacillaceae
Результат: всего белков-526 , из раздела Reviwed-0

Поиск 4.

Строка поиска: name:lipase taxonomy:"Firmicutes [1239]"
Результат: всего белков-7623 , из раздела Reviwed-26

Поиск 5 (в 3 вариантах).

Без ограничения

Строка поиска: name:myosin
Результат: всего белков-22593 , из раздела Reviwed-464

С ограничением на тип Arthropoda
- Строка поиска: name:myosin taxonomy:"Arthropoda [6656]"
- Результат: всего белков-4122, из раздела Reviwed-23
С ограничением на царство Metazoa

Строка поиска: name:myosin taxonomy:"Metazoa [33208]"
Результат: всего белков-16384, из раздела Reviwed-339

Поиск 6 (в 2 вариантах).

Поиск по всем названиям, содержащим "трипсин"

Строка поиска: name:trypsin
Результат: всего белков-13241 , из раздела Reviwed-310

Записи исключающие ингибиторы
- Строка поиска: name:trypsin NOT name:inhibitor
- Результат: всего белков-10249, из раздела Reviwed-101

Источники:

[1] - База последовательностей белков Uniprot.

Задание 1. Информация о липазе Aneurinibacillus sp. XH2

Комментарии

Задание 2. Кластеры

Задание 3. Результаты сеансов поиска в Uniprot.

Источники: