Практикум 10.Анализ крупный перестроек геномов
Задания
Для анализа были выбраны геномы двух архей: Methanosarcina mazei C16 (GenBank Accession:CP009514) и
Methanosarcina mazei SarPi (GenBank Accession:CP009511) Оба генома полностью известны, у них нет кольцевых плазмид.
Сам геном представлен 1 хромосомой.
Параметры выравнивания:
E-value: 0.0
Query cover: 89%
Identity: 99%
Ниже представлена карта выравниваний (по горизонтали геном CP009511, по вертикали CP009514).
Разноцветными участками выделены гомологичные участки.
Для удобства участки были обозначены буквами
Первая (горизонтальная последовательность): A B C D1 D2 E
Вторая (вертикальная последовательность): A C D2 D1 B E
Причем в участках С D1 и D2 была инверсия. Между участками D1 и D2 был индель. Можно предположить что сначала произошла
транслокация D1 и D2, а потом весь участок D (D1+D2) вместе с С транслоцировался с довольно крупным участком B.
Участки A, E не претерпели никаких изменений.
Также была построена еще одна карта. Methanosarcina mazei C16 (GenBank Accession:CP009514)
и Methanosarcina mazei LYC (GenBank Accession:CP009513.1).
Оба генома полностью известны, у них нет кольцевых плазмид.
Сам геном представлен 1 хромосомой.
Параметры выравнивания:
E-value: 0.0
Query cover: 87%
Identity: 99%
Ниже представлена карта выравниваний (по горизонтали геном CP009513.1, по вертикали CP009511.1).
Разноцветными участками выделены гомологичные участки.
Желтыми участками (буквы B, D, F1, F2) отмечены участки претерпевшие инверсию.
Зеленым цветом обозначены гомологичные участки, не претерпевшие значительных изменений, за исключением небольших делеций в них.
Первая (горизонтальная последовательность): A B C D E F1 F2 G
Вторая (вертикальная последовательность): A B C D E F2 F1 G
Можно предположить что сначала участок F (F1+F2) претерпел инверсию, а также транслокацию.
при этом еще произошла делеция. Также происходили делеции и в других участках генома, все они выделены голубыми кружочками.