Практикум 5. Филогенетическое дерево.
Целью данного задания было с помощью MEME поискать сайт связывания транскрипционного фактора, ругулирующего синтез пуринов у бактерии (Vibro cholerae) Для этого в базе данных Uniprot был осуществлен поиск.По ключевому слову - purise synthesis, и организму - Vibro Cholerae. При этом было найдено 3 штамма организма (мнемоника VIBCH), 2 имели по 6 записей , 1 - 12. Был выбран штамм с 12 записями. Название : Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)| ID | Мнемоника ID | Название белка | Id гена | Координаты |
| Q9KSM8 | PURT_VIBCH | Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase | purT VC_1228 | 1302698..1303879 |
| Q9KNX8 | PURA_VIBCH | Adenylosuccinate synthetase | purA VC_2602 | 2771350..2772648 |
| Q9KQQ6 | FOLD_VIBCH | Bifunctional protein FolD | folD VC_1942 | 2093523..2094458 |
| Q9KTN2 | PUR4_VIBCH | Phosphoribosylformylglycinamidine synthase | purL VC_0869 | 931849..935742 |
| Q9KVT8 | PURK_VIBCH | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase | purK VC_0051 | 48324..49457 (complement) |
| Q9KTW2 | GUAA_VIBCH | GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] | guaA VC_0768 | 821588..823141 |
| Q9KV81 | PUR2_VIBCH | Phosphoribosylamine--glycine ligase | purD VC_0275 | 279539..280828 (complement) |
| Q9KRC1 | PURR_VIBCH | HTH-type transcriptional repressor PurR | purR VC_1721 | 1859521..1860531 |
Далее был скачан геном бактерии из БД EMBL (AC:AE003852)
При помощи команды descseq были выбраны upstream участки длиной 100 н.к.
Upstream участки
Мотивы
Первый мотив встретился у всех 8 белков и его e-value = 1.2e+002. Данный мотив также имеет достаточну большую энтропию.
Второй встретился у 5 белком и его ( e-value составил 1.2e+003) и третий мотив встретился у 4 белков
(e-value составил 8.1e+003) встретились всего у 2 белков. Таким образом в принципе все три мотива имеют хороший e-value,
а значит из них можно получить некоторую нформацию.
е