Практикум 12. Мембранные белки
Задание 1. Сравнение характеристик мембранных белков
| Белок | с альфа спиралью | с бета листом |
| ID | 4cg7(цепь А) | 1i78 |
| Толщина | 26.8 ± 0.3 ангстрем | 26.5 ± 1.6 ангстрем |
| Координаты трансмембранных спиралей | ( 33- 47), ( 83- 97), ( 115- 134), ( 149- 170), ( 179- 196), ( 242- 260), ( 287- 309), ( 358- 376), (422- 438), (445- 459) | (11-20), (50-61), (64-72), (111-121), (126-136), (178-187), (192-201), (230-240), (245-254), (287-296) |
| Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали | 18.3 | 11.6 |
| Характеристика | Трансмембранный белок эукариотических клеток. Расположен в мембране эндоплазматического ретикулума. | Белок Escherichia coli относится к семейству высоко гомологичных внешне-мембранных протеаз, известных как омптины, которые участвуют в вирулентности( способность данного инфекционного агента заражать) нескольких патогенных грамотрицательных бактерий. |
| Изображения |
|
|
Рис.1
В начале статистика различных параметров для данного белка(длина последовательности, ч
исло предсказанных трансмембранных участков,
среднее количество аминокислот в одной цепи и т.д.)
Обозначения:
TMhelix - трансмембранная часть белка
inside - часть белка, обращенная в цитоплазму
outside - часть белка, обращенная наружу
(после них идет перечисление координат для соответствующих участков)
Рис.2
Графическое представление отражает вероятности того,
что та или иная часть белка находится в определенном взаимоотношении с мембраной.
по Х - аминокислотные остатки белка
По Y отображены соответсвующие вероятности
Красным цветом показаны предполагаемые
трансмембранные части, розовым - части, обращеннные наружу, синим - части, обращенные внутрь.
Для данного белка (цепи А) было найдено 8 трансмембранных участка, 5 внутренних и 4 наружних.
