Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Задание 1. Ниже в таблице представлены названия и мнемоники 7 бактерий, выбранных для составления филогенетического дерева

Название

Мнемоника

Bradyrhizobium diazoefficiens

BRADU

Rhizobium etli

RHIEC

Ralstonia solanacearum

RALSO

Neisseria meningitidis

NEIMA

Enterobacter sp. 638

ENT38

Salmonella typhimurium

SALTY

Vibrio cholerae

VIBCH

Далее была составлена скобочная формула, по которой при помощи программы MEGA было построено дерево.

Формула:

((RHIEC,BRADU),((RALSO,NEIMA),(VIBCH,(ENT38,SALTY))));


На Рис.1 изображено филогенетическое дерево.


Список нетривиальных ветвей:


{RHIEC,BRADU} против {RALSO,NEIMA,VIBCH,ENT38,SALTY}
{ENT38,SALTY} против {RHIEC,BRADU,RALSO,NEIMA,VIBCH}
{ENT38,SALTY,VIBCH} против {RHIEC,BRADU,RALSO,NEIMA}
{RALSO,NEIMA} против {VIBCH,ENT38,SALTY}

Продолжение (практикум 2)


Были определены таксоны, к которым относятся выбранные бактерии. Далее на Рис.2 подписаны те таксоны, которые выделили одну из ветвей дерева.

В нашем случае
{ENT38,SALTY} против {RHIEC,BRADU,RALSO,NEIMA,VIBCH} - выделяет ветвь Enterobacterales
{ENT38,SALTY,VIBCH} против {RHIEC,BRADU,RALSO,NEIMA} - выделяет ветвь Gammaproteobacteria
{RALSO,NEIMA} против {VIBCH,ENT38,SALTY} - выделяет ветвь Betaproteobacteria